一、病毒病
受害病株一般表现为花叶、黄化、坏死和畸形等4种症状。花叶型病株的叶脉轻微退绿，或呈浓、淡绿相间的花叶，病株无明显畸形，植株矮化，不造成落叶。黄化型病叶变黄并出现落叶。坏死型的病株部分组织变褐坏死，表现为条斑、顶枯、坏死斑驳或坏斑等。畸形的病株变形，叶片变成线状即蕨叶，或植株矮小、分支极多呈丛枝状。有时几种症状在同一植株上出现，引起落叶、落花、落果，严重影响辣椒的产量和品质。其防治方法如下：
1.选用抗病品种：一般辣椒比甜椒抗病，早熟品种比晚熟品种抗病，可根据实际情况选择适合当地栽培的抗病、高产、优质品种。
2.适时播种，尽早定植：适时播种，培育株型壮矮的秧苗，或利用保护地设施早栽植、早结果，待进入病毒病盛发期时，辣椒已花果满枝、根系发达、植株壮健、抗病力强。
3.浸种催芽：种子用10％磷酸三纳浸泡20～30分钟后洗净催芽，在分苗定植前和花期分别喷洒0.1％～0.2％硫酸锌。
4.加强栽培管理：实行轮作和间套作。施足基肥，勤浇水，尤其在采收期注意保水保肥。
5.防治蚜虫：苗床选择周围种植高秆植物的地块，可预防蚜虫迁飞传病。用银灰色的薄膜或纱窗，或用普通农用薄膜涂上银灰色油漆，平铺畦面四周以避蚜，防效可达70％以上。利用蚜虫对黄色趋向性强的特点，每亩地插6～8块黄色诱蚜版诱杀。药剂治蚜可选用20％辛氯乳油3000倍液，或50％抗蚜威可湿性粉剂4000倍液，或乐果乳油1000～1500倍液，或2.5％敌杀死乳油5000倍液，或50％马拉硫磷1000～2000倍液等喷杀。
6.药剂防治：发病后可选用20％病毒A可湿性粉剂500倍液，或病毒K300～400倍液，或1.5％植病灵乳油1000倍液，或NS－83增抗剂100倍液，或铜氨合剂400倍与0.1％硫酸锌混匀喷雾防治，隔7～10天喷1次，连喷2～3次。
二、疫病
辣椒疫病在整个生育期都可发生，且易造成毁灭性损失。苗期受害，茎基部呈水浸状软腐，其上部呈暗绿色而倒伏。成株期危害主茎、枝条、果实、叶片及花瓣。茎基部及枝条受害，初为水浸状斑点，后扩大且变黑褐色，并常易从病部处折断，受害株病情发展迅速，染病后20天左右便整株枯死。病果呈不规则暗绿色水浸状病斑，软腐，常见白色霉状物，略皱缩，后渐变为灰白色，最后成褐色或黑色僵果。根部受害变褐色、腐烂，植株萎焉，但维管束不变色。根腐、枝枯及烂果所造成的损失都很严重。该病在高温多湿条件下易发生、流行，特别是在夏秋季大雨或暴雨后病害蔓延快。
防治方法：(1)实行水旱轮作，避免与茄科、葫芦科作物连作。(2)用25％甲霜灵1000倍液浸种2小时后，用无病新土育苗，以防种子带菌。(3)采用高畦种植，避免积水，注意控制浇水量和次数。(4)定植后用氧氯化铜800～1000倍液淋根部和喷洒植株。(5)发病后用扑霉特、露克星、可杀得、瑞毒霉喷洒，防治效果较好。
三、青枯病
该病危害初期仅个别枝条的叶片或1张叶片的局部呈现萎焉，后扩展到全株。叶片初呈淡绿色，后变褐枯死。病茎外表症状不明显，纵剖茎部木质部变褐，髓部腐烂空心，横切面保湿后可见乳白色液溢出，有别于枯萎病。该病为土传病害，在高温多湿的条件下极易发生。
防治方法：主要以预防为主，如实行水旱轮作，深沟高畦种植，定植后用氧氯化铜800～1000倍液淋根部和喷洒植株等。发病初期喷或淋200国际单位硫酸链霉素，或用77％可杀得500倍液与硫酸链霉素4000倍液交替灌根，每株250克，隔7～10天1次，连用2～3次。
四、炭疽病
该病危害叶片及果实，甚至在贮运过程中仍能继续危害。病原为真菌，多在土表病株残体或附在种子中越冬，在温暖季节、雨后或土壤湿度高时易传染。叶片受害后初呈水浸状病斑，后逐渐扩大成褐色，近圆形，有轮纹。感病果实出现褐色椭圆形至长圆形病斑，凹陷，有同心轮纹，并常附生小黑点。发病严重时，造成植株大量落叶，果实腐烂。
防治方法：(1)雨后及时排水，避免积水。(2)选择较通风的地方种植。(3)发病初期喷洒70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液或75％百菌清可湿性粉剂600倍液或氧氯化铜800倍液。
五、蚜虫
该虫在植株上吸食汁液，使叶片卷曲变黄，影响生长，最主要的危害是传播病毒病，除采用上述治蚜药剂外，还可用避蚜雾1500倍或灭杀毙喷杀。
六、红蜘蛛、茶黄螨
两虫多集中于植株叶背，症状似病毒病，可用螨克或克螨特1500倍液喷杀。
七、棉铃虫、烟青虫
俗称钻心虫，多危害果实，可选用兴棉宝或25％氟氰菊脂4000倍液、20％杀灭菊酯3000倍液、2.5％敌杀死4000～6000倍液喷杀。
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