论文解读--马来西亚石斑鱼养殖场弧菌分布调查

弧菌会侵袭鱼类，虾类和其他水生动物，导致弧菌病，造成严重的经济损失。弧菌广泛分布于海洋和河口环境中，属弧菌科，目前由147种和4个亚种组成。今天给大家分享一篇使用gyrB和pyrH基因分离弧菌的文章，引用信息如下：
分子鉴定
16S rRNA基因已被广泛用作鉴定物种的分子标记。但是，弧菌属16S rRNA难以区分亲缘关系较近的物种。此外，16S rRNA基因的种内（98.8％–100％）和种间（97.6％–99.9％）序列的相似性，以及大量的重叠导致几乎没有区分能力。
管家基因
例如gyrB和pyrH基因，通常用于聚合酶链反应（PCR）和多基因座序列分析（MLSA）中，以确定弧菌属的物种多样性。由于两个基因的种内和种间距离略有重叠，因此与16S rRNA基因相比，gyrB和 pyrH基因具有较高的区分能力。
样品分离
从马来西亚半岛的四个石斑鱼养殖场中分离弧菌。从四个农场的77个样本（64％）中成功分离出147株弧菌，来自北部的24株（16％），来自东部的30株（21％），来自中部的66株（45％），和来自南部农场的27株（18％）。从脾中分离出62株（42％），从肾脏中分离出45株（31％），从肝中分离出40株（27％）。
gyrB和pyrH序列的系统发育分析
对gyrB序列的分析显示，有131个（89％）菌株可以分为六种弧菌。共有63株（43％）被鉴定为哈维氏弧菌，53株（36％）为溶藻弧菌， 8株（5％）为副溶血弧菌， 3株（2％）为塔式弧菌，1株（1％）为创伤弧菌。另外，使用该基因不能区分哈维氏弧菌和轮虫弧菌。
通过分析pyrH序列，可以鉴定所有147株菌株（100％），然后将其分为11个弧菌属菌株。其中3个弧菌属在马来西亚养殖场中为优势种，如创伤弧菌，哈氏弧菌和副溶血性弧菌。共有49株（33％）创伤弧菌。
小结
与gyrB相比，对pyrH比较更适合于弧菌的物种鉴别，因此使用pyrH基因来确定马来西亚半岛鱼类样品中的弧菌物种，证明了pyrH基因可对石斑鱼样本中弧菌的多样性进行可靠的物种鉴定。