病原菌为南瓜链格孢菌，属于半真菌亚门。
甜瓜叶枯病主要危害叶片。最初真感叶呈褐色斑点，随后病斑逐渐扩大，环纹不明显，但病健部分边界明显，病斑边缘有水渍。发病后期，几个病斑合并成大斑，导致叶片干枯。果实感染的症状与叶片相似，病菌会侵入果肉，导致果实腐烂。
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