1. 木霉菌： 木霉菌又称绿霉菌，广泛分布于各种植物残体、土壤和空气中。木霉菌通过孢子传播，常借助气流、水滴、昆虫、原料、工具和操作人员的手、衣服等为媒介，侵入培养基。一旦条件合适，它们就会发芽繁殖。当生产环境不干净、培养料灭菌不彻底、接种操作不严密、高温高湿等条件下，是木霉菌侵染的好机会，尤其是菇场和老菇长年居住的房屋，经常是木霉危害猖獗的地方。在所有危害香菇生长的杂菌中，木霉菌的威胁最大。木霉适应性强，繁殖速度快。能分泌毒素，抑制香菇菌丝的生长。木霉菌能在生长势减弱的香菇菌丝体上生长，使香菇组织细胞裂解死亡。木霉菌可在4-42范围内生长，孢子在高湿环境中萌发。侵入蘑菇培养基时，初期为白色棉状絮状物，后期变为绿色。如果菌株受到木霉菌的危害，必须报废。即使是轻微敏感的菌株也应丢弃。迄今为止，木霉菌尚无理想的治疗药物。常用的杀菌剂只能抑制木霉，不能杀灭它。加大剂量只能同时杀灭木霉菌和蘑菇菌丝。因此，营造适宜香菇菌丝生长而不利于木霉菌繁殖的生态环境是控制危害的根本措施。一旦发生木霉菌危害，要立即通风除湿，以抑制木霉菌的扩展。带菌培养物感染后，可采用注射药液的方法抑制木霉菌的增殖。常用的药液有5%石碳酸。 2%甲醇，1：200倍50%多菌灵，75%甲基托布津，PH值为10的石灰水。另外，在污染处撒上石灰，防治效果也很好。
2.脉孢菌：
脉孢菌体呈蓬松状，生长初期呈白色或灰色，生长后期呈粉红色或黄色。当大量的分生孢子堆积成团时，外形类似于猴头菇的子实体。脉孢菌主要传播分生孢子，是高温季节发生的最重要的杂菌。脉孢菌菌丝坚韧有力，具有繁殖迅速的特点。一旦发生大爆发，那将是一场浩劫。结果是菌株、培养袋或培养物将被分批报废。防治脉孢菌，首先要尽量避免在高温季节生产。香菇出菇期温度最好控制在20以下，这样脉孢菌生长缓慢。可以减少污染。香菇生长地的湿度有利于脉孢菌的发生，所以控制香菇生长地的温度，可以有效预防脉孢菌的发生。脉孢菌的药物防治可参照木霉属的防治。菇袋生产过程中，如发现链孢菌，应在分生孢子上滴上柴油，防止链孢菌扩散。后期菌袋破损。一般不要轻易报废。将破损的菌袋埋入透气性差的土壤中30-40厘米深。缺氧处理10-20天后，病害可有效减轻，菌袋仍能出菇。
3. 毛霉：
毛霉又名黑霉、长毛霉。菌丝初呈白色，后呈灰白色至黄色，表明大量孢子囊成熟。这种真菌在土壤、粪便、草和空气中无处不在。在高温、高温、通风不良的条件下发生率高。其生长速度明显高于香菇菌丝体，毛霉菌丝体每天可伸长约3厘米。栽培期毛霉菌侵染菌丝后，扩散迅速，几天内即可覆盖基质，而受损的菌丝生长缓慢，行走困难。虽然最后还是可以到达基质的任何地方，但是蘑菇丝已经没有了正常的浓白色，而是灰黄色。发生的主要原因是基质中使用了霉变的原料，接种环境中含有大量毛霉孢子，菌丝体培养在潮湿的环境中进行等。防治方法同木霉。这
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