（一）严把好菌种确定生产优良品种后，菌种是否被杂菌污染是优质菌种最基本的条件。优质菌株可通过目测和培养来确定。凡菌丝体旺盛，开瓶时有独特香味的，可认为是优质菌种。有条件的还应进行取样培养，同时也可检查菌丝体的活力。 (2)严格控制好菌袋的加工。塑料袋应选用厚薄均匀、无沙眼、弹性强、耐高温、耐高压的聚丙烯塑料袋。馅料松紧适中，与上下表一致；袋子的两端要扎紧，用火焰烧结。高温季节制作菌袋时，可用1：800倍多菌灵溶液调料，防治杂菌。 (3)严格控制灭菌过程。常压灭菌应保持炉内温度稳定在100，持续8小时；锅内菌袋出料时，中间应留有空隙，以便蒸汽自由流通，使菌袋受热均匀；避免因补水或火灾而中途降温；从混料到杀菌必须在8小时内完成，从开始杀菌到炉温升至100不应超过5小时，以免物料发酵变质。 （四）搞好环境卫生，净化空气。尽量减少空气中杂孢子的浓度，是减少杂菌污染最积极有效的方法。装瓶、消毒冷却、接种、培养室等场所需每日清洁。大雨过后应进行集中清扫。坚持用0.2%肥皂水或3%-4%石炭酸水溶液、5%甲醛、1:500倍50%多菌灵水溶液和5%-20%石灰水交叉喷洒或喷洒在空气中和每天将药罐内的废弃物和污染物及时焚烧或浸泡，防止环境和空气受到污染。 (5)严格无菌操作接种室应严格消毒；做好菌种接种前的预处理工作；接种过程中用酒精灯火焰将菌瓶密封；接种工具必须火焰灭菌；菌株应尽可能保持完整；避免人们走路和说话；及时清理接种室内垃圾，保持室内清洁。 (6)科学安排接种季节接种季节必须根据香菇菌丝生长和子实体的温度要求科学安排。夏秋季节接种过早或气候高温，不仅污染率明显增加，而且不利于菌丝生长；接种时间过晚，污染率较低，但会缩短秋菇的生长期，影响产量。日平均气温稳定在25左右时接种最佳。夏季气温高时，接种时间应安排在午夜至次日清晨。 (7)改善环境因素杂菌发生的速度和严重程度在很大程度上取决于各种环境因素，特别是当蘑菇栽培块或蘑菇管上发生霉菌时，应进行通风。当温度、湿度等环境因素有利于香菇的生长发育时，香菇的菌丝体具有旺盛的生命力和较强的抵抗力，不易发生杂菌。因此，在日常管理工作中，尽可能创造适合香菇生长发育的环境条件，也是一项十分重要的预防措施。 (8)为减少菌丝未愈时霉菌的发生，应采取措施关闭门窗(多次开窗通风)，揭去覆盖膜，待霉菌控制后再盖上。如个别栽培块出现霉菌，不要急于处理，待菌丝愈合后再进行，但需增加翻膜次数，加强栽培室通风，减少温度和除湿。 (9)培养块或菌管表面出现霉菌，尚未进料。一般可用PH值为8-10的石灰水清洗上面的霉菌，改变PH值，抑制霉菌的生长。如果霉菌严重，已经渗入材料，可将霉菌挖出，再填入栽培种。霉菌特别严重的栽培块或管，可取出室外，用清水冲洗干净，晾干23天，再喷洒0.5%过氧乙酸（CH3COOH），可收到明显防治效果。 (10)加强检查高温季节培养室菌袋排放不宜过高或过密，以免菌丝因高温停止生长或被烫伤，影响成品率。生菌56天后，结合翻堆，要逐袋仔细检查，发现污染细菌的袋子要立即取出。对于轻度污染的菌袋，可在污染处注入20%甲醛、5%石碳酸或95%酒精，然后用消毒胶带粘贴。
对青霉菌、木霉菌污染严重的菌袋，加入适量新料重新灭菌接种；被脉孢菌污染的菌袋应及时深埋。此外，还要做好防鼠灭鼠工作，避免被鼠类间接污染。被污染和丢弃的菌袋要集中处理，切不可乱扔，以免反复感染。 (11)袋料栽培中危害香菇的害虫主要有螨类和线虫类。菌管室内培养期主要是螨虫的危害，后期主要是线虫的危害。栽培室或栽培田如有虫害，可喷洒高效低毒农药，1：1 200-1 500倍杀螨专用，1：50倍杀虫乳剂，1：500倍液马拉松乳剂可防治线虫，效果好。影响。
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