1、菇袋出后大量小菇死亡。春末夏初，有时菇条出苗后，大量小菇变黄变软，基部变厚，继而枯萎腐烂，成为死菇。
原因：
一是桑原基形成后，温度持续超过30，导致菌盖逐渐枯萎，导致小蘑菇大量死亡；
二是介质太干燥，空气相对湿度太低。如果在幼芽形成后出菇室或棚内空气相对湿度低于80%，小菇会因菇体内大量水分迅速蒸发而萎缩死亡；
三是通风不良，菇房（棚）内二氧化碳浓度升高较快。超过0.5%时，会形成拳头大或柄粗盖小的大脚菇。二氧化碳浓度较高时，幼菇会被窒息而死；四是喷水过多，使小蘑菇容易水肿，继而变黄化脓，引起细菌感染，生病死亡。
治疗措施：
一是在出菇期气温过高时采取降温措施。可用井水喷洒出菇房或棚内地面及周围，使温度降至30以下。并加强通风管理；
二、菇袋出芽后，应将出菇室或棚内空气相对湿度提高到90%左右，每天喷水45次。不要直接向菇体喷水；
三是随着子实体的长大，应加强通风，尤其是高温时期更要注意通风，保证子房或棚内空气新鲜；
四是要正确掌握喷水量，既不能不喷水，也不能喷水过多。增加空气湿度主要是要经常向地面和墙壁洒水，尽量避免直接向幼菇子实体喷水。
2、有的袋子只有一端菌丝
当同一种菌种插入一个料袋的两端时，只有一端的菌丝生长良好，另一端的菌丝萎缩死亡。
原因：
一是杀菌炉建造不合理，冷凝水不能顺着炉壁回流到锅内，而是不规则地流入口袋的一部分，使该端的堆肥吸水过多，抑制生长菌丝体；
二是料袋紧贴锅壁出料。锅内水过满，间隙过小，阻碍蒸汽流通。生长停滞。
治疗措施：
一是炉顶砌成圆拱形，使冷凝水顺着炉壁流回锅内；
二、料袋出料口与炉壁应有一定距离，以免进水；
三是袋子不能太挤，以加快蒸汽循环，提高杀菌效果；
第四种是用橡皮筋或绳子捆扎的材料袋。菌丝定植后，应松开扎带，增加通风。最好用塑料项圈，上面盖上纸，以免菌丝因缺氧而死亡。
五、料袋中间应打孔，将菌种（尤其是麦粒）直接塞入孔中，避免菌种与塑料袋直接接触，防止菌种被浸透袋壁上的冷凝水。
3、满袋后菌丝不长出
有的菌袋菌丝生长十分旺盛，但满袋后菌丝不出菇，有的23个月仍不发芽。
原因：
一是菌种选择不当。春末夏初栽培中低温品种；
二是堆肥的碳氮比不合适；
三是亲本扩大时，气生菌丝采摘过多，造成原种与栽培种结块，严重影响子实体的形成；空气湿度低时，过早打开袋口，会在表面形成厚厚的干膜，阻碍芽的分化。
治疗措施：
一是高温平菇品种宜在春末夏初栽培。栽培中低温型平菇品种时，应将料袋两端扎紧，秋季气温下降后张开袋口出菇，可减少损失。也可以去掉塑料袋，把木耳条紧紧横放，放在阴凉潮湿的地方，上面盖一层2厘米左右的碎土，盖上草帘，也可以出大量的蘑菇；
二是合理配制堆肥中的碳氮比。在平菇菌丝期，堆肥中适宜的碳氮比为20：1，在出菇期，所需的碳氮比以30-40：1为宜。如果堆肥中碳氮比例失调，氮过多碳不足，就会出现营养生长过度，形成菌丝急剧生长的现象，严重时甚至密集成簇，形成菌皮，从而抑制生殖生长。延迟出菇，影响产量。麦麸、米糠、土豆、豆饼、玉米等含氮丰富，应适量添加。若堆肥碳氮比失衡，应刮去表皮致密菌团，喷洒0.5%葡萄糖或（0.5-1）10-6三十烷醇等含碳物质调整碳氮比。同时加强通风、光照和加大温差的刺激，使其尽快发芽、出菇；
三是母种扩充数量不宜过多；
四、如果木耳条表面形成厚厚的菌膜影响出菇，可以用铁丝在木耳袋两端戳洞，然后用小钉耙刮掉上面的干菌膜。表面，然后将菌袋浸入25C以下的水中8至12小时。水分充足后，再上架，促进通风、光照和温差，增加空气湿度，蘑菇就会快速生长。
4.部分料袋中间出现大量蘑菇芽
原因：
一是充填不严密，料与袋之间有缝隙；
二是灭菌时压力过大，会使料袋爆裂或使料袋鼓胀；
三是袋子在装载或搬运过程中被刺破；
四是菌丝生长期培养环境不适宜，如温差过大、光照强、空气湿度大等，都会促进料袋中间子实体原基的产生。
治疗措施：
一、装料时应边装边压实，外紧内松，使培养料与袋壁紧密接触，不能留空隙；
二是装卸搬运要小心，以免损坏料袋，蒸好后要慢慢放气；
三是创造适宜菌丝生长的环境条件。培养室应遮光，保持温度恒定，相对湿度保持在70%左右。菌种培养室与出菇场应分开。
5.发生细菌燃烧
原因：
烧菌是指菌丝生长环境温度过高。例如，当培养室的温度达到30或更高时，就超过了菌丝存活的范围。
处理措施：
培养室内应保持恒温发菌，温度不能超过30℃。当培养室内温度超过30℃时，要及时翻堆、通风降温。为避免发生烧菌现象，夏季栽培最好在凉爽的室内进行，菌袋以单层排放为好，袋中插一支温度计，以观察料温变化。若温度较高，应及时向地面上洒些冷水，打开门窗进行通风等，采取降温措施。需指出的是培养料内温度一般比室温高3～5℃，应引起注意。
六、菌丝未满袋出菇
原因：
一是菌丝培养阶段环境条件不适宜，如培养料过干或过湿；装料时压得太紧；培养基内营养成分差；光线过强；温差太大；酸碱度不适宜；菌种菌龄太老等，使菌丝生活力减退。
处理措施：
一是创造适宜菌丝生长发育的最佳条件，包括配料、含水量、酸碱度、温度、光照等，都要适合于营养生长的需要；
二是选择优质、洁白、粗壮和生活力强的菌种。
七、培养料变酸发臭
培养料装袋灭菌接入菌种之后，料内会散发出一股酸臭味，影响菌丝生长。
原因：
一是培养料不够新鲜和干净，带有大量杂菌，特别是用了陈料，在消毒灭菌不彻底的情况下，由于料内的各类霉菌大量繁殖孳生，使培养料酸败，便产生一股难闻的酸臭味；
二是拌料的水分过多，料内氧气供应不足，使嫌气细菌和酵母菌乘机繁殖，导致培养料腐烂变质；菌丝培养阶段，由于料袋重叠，料温增高，使杂菌生长速度加快；
三是麦粒菌种与料袋紧密接触，由于袋壁冷凝水浸泡麦粒，使菌种腐烂；
四是料内氮素营养过高，与加入的石灰起化学反应，产生氨臭。
处理措施：
一是栽培前要选好原料，采用新鲜、干净、无霉变、无结块的培养料，拌料前在日光下曝晒2～3天；
二是拌料时控制水分，勿过干过湿，棉子壳和水之比以1：1.3～1.4为宜，其他作物秸秆加水量以1：1.4～1.5为好，水中加入0.1％～0.2％的多菌灵或甲基托布津等杀菌剂；
三是酸臭味过重的培养料，应及早从袋内倒出，加入2％石灰水进行调节，使pH值达7.5左右，含水量达60％左右，重新播种栽培；
四是如氨气过重，可加入2％的明矾水拌匀除臭。也可喷洒10％的甲醛配合溶液除臭；
五是培养料如已腐烂发黑，只能作为优质肥料入田而不能用于栽培。栽培场地散布的臭味，可喷撒除臭剂除去。除臭剂配方是：硫酸亚铁5份，硫酸氢钠95份，磨成粉在常温下充分搅拌即成。
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