一、杂菌及其防治
(1) 青霉菌和木霉菌。青霉菌最初是白色的，后来变成浅绿色。木霉初为绿色，后期绿色逐渐加深。湿度大、通风不良、酸性环境易发生。防治方法：挖出污染部位，撒上多菌灵粉或生石灰。所有受污染的材料都应焚烧或深埋。
(2)脉孢菌。发生条件为温度25-30，6小时孢子萌发，形成大量棉絮状菌丝，48小时后产生大量粉红色分生孢子。防治方法：培养堆肥时用1:500倍多菌灵或霉锈菌洗净拌匀，避免发生。如果发生，尽早销毁或深埋。
(3)石膏模具。常发生在堆肥表面，产生粉状致密的白色菌丝体。防治方法：增加饲料中磷肥含量，喷施1:7醋酸溶液。
2.疾病及其预防
(一)非传染性疾病或生理性疾病。
菌丝过度生长：菌丝表面气生菌丝密集，影响出菇。形成菌丝风生的原因，主要是空气湿度大，通风不良。防治方法：加强通风，降低湿度。
平菇：子实体菌盖极小，菌柄粗长。这主要是缺氧和通风不良造成的。防治方法：加强通风，注意光照。
平菇枯萎：菇芽或子实体生长停滞，逐渐萎缩、枯死、腐烂。发生的主要原因是水分不足和过度通风。防治方法：增加空气相对湿度，物料表面不要干燥，通风时不要让风直吹菇蕾或子实体。
锈斑：平菇菌盖和菌柄上出现锈褐色斑点。发生的原因主要是通风不良和湿度过大。防治方法：加强通风，降低湿度。
(2)传染病。干疱病（褐斑病）：主要危害其正常生长。症状是子实体表面有白色蓬松的菌丝，出现褐色斑点，菌盖收缩开裂。防治方法：降低温度，加强通风。病房喷洒2%甲醛溶液或1：500倍多菌灵。
3. 害虫及其防治
(1) 菌蛆。主要为害菌丝体或子实体。菌蝇、蚊子等的幼虫都是白色或黄色的无足小蛆，能吃子实体。防治方法：去除老化菌丝；利用成虫趋光性，架设杀虫灯诱杀，或喷高效低毒农药，如敌百虫1000倍液喷洒，可杀死幼虫和卵。
(2)菌螨。一些属于蛛形纲和螨纲的小昆虫，个体较小，呈黄白色，堆积时呈淡黄褐色，像灰尘或米糠，繁殖能力强，行动迅速，会吃菌丝和菌盖，引起蘑菇花蕾枯萎。防治方法：将原料充分干燥，周围环境喷洒敌敌畏，发生后用4%三氯杀螨醇乳剂800倍液喷洒。
(3) 跳虫。成虫有灵活的尾巴，像跳蚤一样弹跳，咬子实体。防治方法：喷0.1%罗腾精。
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