1、防治杂菌，操作人员必须严格遵守无菌操作规程，做好接种箱、菇棚的环境卫生和消毒工作。 2、平菇栽培期间发现棉腐病、根腐病、细菌性斑病等病害时，应及时清除污染部位，加强通风，降低温度，控制病害蔓延。
3、防治危害平菇的菇蝇、螨类等害虫的方法主要是改善环境卫生，经常在菇棚内外洒石灰，消毒灭菌减少虫源，在棚内铺设尼龙纱布。菇棚的通风孔，防止成虫飞入。
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