1、温度过高：在菇芽形成和生长过程中，菇棚（房）温度突然升高或连续数日在20以上，再加上通风不良，菇芽会收缩变黄，并最终死去。这种情况多发生在晚秋或早春，因为蘑菇芽是在低温条件下形成的，它们的养分从菌丝体输送到子实体，当温度突然升高时，养分又从子实体流回到菌丝体，蘑菇芽因缺乏营养而死亡。防治方法：密切关注气温变化，根据天气预报调整菇棚（室）温度，保持菇棚（室）温度在20以下，严防温度过高。蘑菇棚（室）突然升起。 2、菇棚（室）通风不良冬季，菇农为了保持菇棚（室）温度，往往把菇棚（室）关紧，不注意通风。也可能是菇棚（室）面积太大，四周虽有通风孔，但通风不均匀，菇棚（室）内外气体不能互换，菇棚（室）不足，得不到菇芽或嫩菇。氧气充足，窒息。防治方法：无论什么情况，都要注意菇棚（室）通风，每天12次，气温高时，可在早上或晚上通风，当气温低，中午前后可以通风，通风时间可以适当短一些。有风的日子只开背风面的通风孔，无风的晴天打开所有的通风孔，让空气充分流通。
3、用水不当：幼菇生长期，直接向菇床、菇体喷水，使菇棚（室）内湿度过大。如果菇棚（室）通风不好，菇体积水不能及时散发，菇体表面形成水膜，被水浸死，或诱发细菌病害，导致幼蘑菇腐烂死亡。菌管或覆土缺水，幼菇得不到足够的水分而死亡。也有可能是菇棚（房）温度高时，直接向菇体喷水，菇蕾突然受到刺激而死亡。防治方法：菇棚（室）温度在20以上时，不喷水；每次喷水要注意通风，不要喷闷水；不要直接向菇体和菇床上喷水，应向地面和空间喷水，保持菇棚（室）适宜的湿度；当菇筒内水分或覆土不足时，要及时补水，调节湿度。
4、出菇太密：床内生长的食用菌，如双孢蘑菇、鸡腿菇等，由于培养料干燥或覆土过薄，覆土后菌丝长得很快，在上面形成密实的菇芽。表面上，但由于营养不能满足太多蘑菇蘑菇芽的需要，导致部分蘑菇芽死亡。袋栽蘑菇，如香菇、平菇等，菌丝未成熟时，昼夜温差大，或翻袋次数过多，浸泡时间过长，它还会形成密集的蘑菇芽。这些蘑菇芽大部分都死了。防治方法：覆土厚度控制在3-5厘米；覆土后及时喷水调湿，使土壤含水量保持在18%-20%。菌袋培养至菌丝体生理成熟后，再催芽。催芽时温差刺激时间不宜过长，34天即可。
5、病虫害及用药不当：病虫害或喷药过量、农药浓度过高，会造成菇芽或幼菇死亡，甚至不能栽培。防治方法：出菇期间不采用化学方法防治，可采用诱杀的方法进行防治。如需使用农药，只有在蘑菇采收后，才可选择低毒、低残留的药物，使用浓度应控制在允许范围内。
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