在食用菌产业化生产的链条中，食用菌的保藏和加工是一个重要的组织环节，它不仅是生产、流通和消费中不可缺少的环节，也是食用菌产业化扩大再生产、增加效益的基础。传统的鲜蘑销售一般使用竹制或塑料周转箱作为容器，收获的鲜蘑放入箱内后立即进入市场。子实体积压在箱内碰撞，使其产品质量大打折扣，直接暴露在阳光下或大气中，不仅被动接受污染，也不利于保鲜。消费者也有买不到新鲜湿润的蘑菇的反映。这是第一个原因。其次，随着经济的发展和人们生活节奏的加快，相当一部分消费者没有时间和心情去拥挤的农贸市场购买蘑菇。而是希望有方便、干净、小包装的产品，在家里稍微煮一下就可以吃。因此，超市销售应运而生。据了解，南方各大城市的超市几年来一直在销售小包装鲜菇，市场效果相当不错。目前北方的超市也有所行动，可见这是一种发展趋势。
基本程序是：鲜蘑采收低温整理冷却包装包装运输进入超市。
新鲜蘑菇一旦收获，必须整齐地卸入小短容器，尽快送到低温车间进行分拣。集装箱的体积为长宽高=(402816) cm，外形如周转箱，底部为实心板，四周预设一个直径约2-3 cm的圆孔，底部四角有向内收缩的插入式角块，以方便多层堆叠。鲜菇采收时头对头排出，不要头尾相连，以免污染；低温车间温度1-3，普通恒温冷库可以改造使用，与其他包装容器一起存放在车间，彻底降温。新鲜蘑菇成箱搬入车间后分开放置，使菇体得到充分冷却。这一环节对于温度高于15时收获的鲜蘑菇尤为重要。整理工具有：薄不锈钢刀或竹刀，以及小包装封箱。
首先，用刀将鲜蘑菇的基部切开，去除所有污垢、基料等杂物。鳞片长的时候要一起去掉。一般不需要清洗，否则会缩短产品的保质期。立即将干净的新鲜蘑菇分级，然后放入覆盖有泡沫软衬的容器中，充分冷却后包装。
冷却包装：当菇体内部温度降至3以下时，即可单独包装。一般泡沫饭盒可以做成单个盒子，高约5cm，每盒装鲜蘑菇约150g。一些大城市已经禁止塑料包装，纸盒可以定制。根据鲜菇的品种，也可以定义包装盒，如鸡腿菇(长宽高，下同)规格为16 cm 10 cm 4 cm，姬松茸规格为1510 6，真姬菇和杨树菇规格为1684。并根据鲜蘑菇的形状和规格确定出料方式。然后包好保鲜膜。将小包装盒放入泡沫保鲜盒中，每盒可装36盒，用透明胶带封口。包装：根据运输距离和运输方式，可以直接用保鲜盒运输，也可以放在集装箱里运输。保鲜盒内保温效果极佳，盒内盒包装低温处理。因此，鲜菇在5-12小时内不会因温度升高而品质下降：鸡腿菇、草菇难以保鲜，但在5小时内不会发生品质下降。
进入超市：进入超市后，小包装要放入低温展示柜进行销售。一般保质期可以达到2-10天。
此外，短期储存和运输也可以使用冰快速冷却和保鲜或冷藏t
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