菌核腐烂为害幼苗和球茎，碎瓣病为害花朵，茎线虫为害新梢。种球贮藏时，应除去伤病种球，贮种时室内应通风。
风信子病害防治应以加强管理为基础，采取积极预防、综合防治的原则。由于大棚风信子生长期短，主要发生病害。风信子的常见病害有芽腐病、软腐病、菌核病和病毒病等。种植前严格对基质进行消毒，球茎清洗消毒，生长期每7天喷1000倍灭菌素或百菌清，交替使用，可在一定程度上抑制病菌的传播。严格控制浇水量，加强通风管理，控制环境空气相对湿度，及时清除中心病株，可大大降低发病率。
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