培养50-60天后，山核桃菌丝达到生理成熟，转入行袋，覆土。一般袋子覆土1个月后，子实体即可长出。这个阶段很好驾驭，稍微失控子实体就长不出来了。朱斗喜教授（2008）在《羊肚菌人工栽培研究进展》号文章中介绍，他们从1992年成功培育出羊肚菌后，一直到1998年，这期间成败相伴。也就是说，第一年可以出菇，第二年用同样的方法、菌种就出不出菇了。即使是在田里栽培，有的地方出产很好，有的地方不出产。全国多个生产单位种植羊肚菌10多年，均以蘑菇产量不稳定而告终。直到2007年，大田栽培的关键技术才基本被攻破。
根据各地栽培试验，羊肚菌出菇期管理技术主要应掌握以下要点： （l）棚内整理袋
套袋前场地消毒，在床上铺3厘米厚的腐殖土，拍平；然后用10%的石灰水喷洒床铺及周围环境，起到杀虫杀菌的作用。将生理成熟的菌袋移入田间菇棚内，置于垄沟床上。每平方米床位可放置17cm33cm的菌袋40个。也可将菌袋排放在箱筐或盆内。由于移动和装袋过程中，菌丝体表层会受到一定程度的碰伤，摇动后袋（瓶）内菌丝体会破碎。因此，出菇袋后，不要急于张口盖土。一定要让它静置1-2天，让菌丝更好地积累养分；同时，使其适应气候环境，为下一步种菇打下坚实的基础。
(2)用土覆盖开口
这是一项重要的技术。菌袋整理好后，进行覆土工序。对于袋子，解开袋口的系带，撕下袋膜；对于瓶子，撕下覆盖膜。然后用3至5厘米厚的土覆盖袋子或瓶子的表面。覆土材料优选腐殖质饱满的沙壤土，或林更新前的火烧土。有的栽培者拿菌袋去膜，将菌管排放在床上，然后覆土3-5厘米。无论是用袋覆土还是不用袋覆土后，在覆土表层再覆盖2厘米厚的竹叶或阔叶树落叶，以保持覆土湿润，防止水土流失和雨淋.菇棚内温度控制在18左右，让菌丝回春。
（3）营造微生物环境
在羊肚菌套袋的同时，将2袋大小相同、生理成熟的菌丝间隔放置在5袋之间，促进羊肚菌生长的微生物环境。这里是长白山菌类研究所。导演王绍宇、丛桂琴的开山之作。 (4)田间菇棚温度随温度变化和贮藏波动较大。床身每隔3米可插一根竹木，作为内拱膜棚控制；并覆盖有白色塑料薄膜，起到防雨、保湿的作用。覆土后，人为创造菌丝由营养生长转为生殖生长的温差刺激条件。具体操作方法：白天盖床罩膜，晚上揭盖膜2-3小时，夜间气温低，人为制造10以上的昼夜温差，继续2-3天促进菌袋白色原基，并成功形成菇芽。 （来源：蘑菇农场助理）
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