羊肚菌菌种最大的缺点是容易退化变异，给羊肚菌的栽培带来很大困难。
(一)菌种生产技术要点菌种生产工艺流程如下：
筛选采集羊肚菌组织（孢子）分离纯化培养出菇试验优良一等菌种回春培养菌种繁殖二等菌种接种培养栽培种。
1、菌种分离羊肚菌的分离方法与其他食用菌大致相同，采用组织分离和孢子分离。
(1) 组织分离
选用成熟、生长优良的羊肚菌子实体，在无菌环境下用接种针将组织块接种于平板培养基上，获得菌种。
培养基制作。配方为土豆200g，葡萄糖20g，琼脂18-20g，磷酸二氢钾3g，硫酸镁1.5g，水1000ml。将培养基装入500ml锥形瓶（每瓶200ml）中，115灭菌30min，无菌条件下将培养基倒入板中（每板约20ml），冷却备用。
选择子实体湿润、新鲜、壮实、周围有许多幼菇或原基、圆形、中熟的子实体。
香菇面用75%酒精棉球擦拭消毒。
切出组织块（菌肉）。用手术刀切开种菇，用消毒过的手术刀或尖头镊子从菌盖或菌柄内侧取5mm见方的组织片（肉）接在培养基上。
培养。在恒温18的培养箱中培养。 2 天后，组织块会发芽。当菌落长到2cm时，用接种针挑出最适菌落的顶端菌丝插入新培养基中进行尖端脱毒。筛选出菌丝生长快、菌核产量适中、色素产量少、晚熟的菌株作为第一代母种留用。
(2) 孢子分离
在无菌条件下，孢子在合适的培养基上萌发成菌丝体，获得纯培养物。从多孢子中分离出的菌株不能直接用于生产，必须经过出菇试验。采集孢子的方法有很多，如切菇整花、三角瓶挂钩、试管琼脂培养基粘附法等，这里介绍整花切菇的方法。
选择新鲜、健康、成熟的子实体。
收集孢子。将子实体按组织分离法灭菌后的整菇放入无菌孢子收集器中，18培养23天，子囊孢子就会脱落，形成孢子印。
孢子分离培养。在无菌条件下，将少量孢子转移到装有无菌水的三角瓶中并稀释以形成孢子悬浮液。浓度应为1 滴水中有5-10 个孢子。使用接种环取孢子悬浮液并在斜坡上画一条线。孢子萌发后，菌丝体一起生长。取菌丝块转移至新的平板培养基中，18避光培养。选择菌丝体生长快、菌核数量适中、色素沉着少且晚的培养物进行培养试验。
2. 母种的扩充与保存
(1)母种繁殖选择菌丝无污染的优良试管菌株，用接种针用培养基吸取小块菌株，转移至斜面培养基中。一般1个母种第一次膨大1520株。将转移的菌种置于18培养箱中避光培养7天，待菌丝覆盖试管斜面待用。母种尽量不超过3代。
(2)优质母种质量标准：菌丝生长均匀，先呈白色，后逐渐变黄，无杂菌污染，说明菌丝生长良好。
(3)亲本的保存：放入冰箱，保鲜层3-5保存，但最长不得超过3个月。
3.原种和栽培种生产
(1) 常用公式
木屑30%、稻壳30%、小麦20%、腐殖质20%。
锯末65%、小麦20%、白糖1%、石膏1%、过磷酸钙1%、腐殖质12%。
玉米芯40%、木屑30%、小麦15%、石膏1%、过磷酸钙1%、腐殖质13%。
木屑40%、棉籽壳30%、小麦15%、石膏1%、过磷酸钙1%、腐殖质13%。
以上各配方末需加入原料用量的1%石灰。
(2)制作方法
将小麦浸泡或煮熟，木屑发酵3个月以上，然后加入煮熟的小麦、湿土等材料，将配方混合均匀，然后加水，使水分达到55%65%。原种一般用500-750ml的玻璃瓶装，瓶身一定要上下严密，可以用薄膜封口。栽培品种一般用（15-18）cm33cm的有角聚丙烯袋包装，无棉盖密封。 1.5MPa高压灭菌4小时，100以上常压灭菌1012小时。注意杀菌时间不宜过长，压力不宜过大，否则里面的营养成分会被破坏。
(3)在无菌条件下培养。每个母种可接种原种35瓶，每瓶原种可接种栽培种4060袋。接种后，可在18 至22C 的暗光下培养。 3天菌丝开始萌发取食，10天菌丝覆盖培养基表面，15-20天菌丝长满。培养期间尽量避免强光刺激，菌龄不超过30天。合格的羊肚菌品系应生长均匀、生长迅速、无污染；菌核应在瓶肩或料与瓶之间的缝隙处产生，菌核早期为白色，后期变为金黄色至浅棕色颗粒状。菌丝太弱，菌丝老化，含有杂菌的不能用。
(2) 营养袋的生产
(一)营养袋规格
营养袋有2种规格，一般用12cm24cm或14cm28cm的角袋装馅。
(2) 营养袋配方
营养袋的食谱有很多，以下食谱供参考：
稻壳40%，小麦60%。加石灰总量的1%。
玉米芯30%、稻壳20%、小麦50%。在总量中再添加1% 的石灰。
木屑30%、玉米芯20%、小麦40%、麸皮9%、过磷酸钙1%。在总量中再添加1% 的石灰。
(3)制作方法
原料的预处理方法与制作菌种相同。配方混合均匀后，待水分达到55%65%时即可装料。用专用捆扎机或塑料绳将装好的营养袋扎好，装入编织袋或筐内，放入杀菌锅中杀菌。 1.5MPa高压灭菌6小时，100常压1820小时，灭菌后冷却使用。
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