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防止菌种退化可提高产量，减少病虫害的发生和发展，减少农药用量，是生产有机双孢蘑菇的基础。
1、培养菌种的环境温度不宜超过28度，培养的菌种在室温下保存时间不宜超过半个月。
2、正确掌握培养基的时间和温度，防止营养物质被破坏，pH值要合适。
3、培养基要经常更换，如麦秸或稻草、鸡粪、棉籽壳、麦麸等培养基材料要交替使用。
4、原种不要一次性用完，分次服用，其余低温保存，防止传代过多。
5、每年应选择个体大、生长正常、无病虫害的子实体进行组织分离，择优剔除劣质子实体，扩大接生生长。
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