1.蘑菇。菌丝灰白色，略带蓝色，丝绒状，均匀分布于附着的菌丝上下，无扇形变异，无黄白色菌皮，有独特的菌香。堆肥中菌丝稀薄或丛生，菌丝呈淡黄色、皱缩或看不见，内容物呈糊状，说明水分过多或菌种老化；底物上部收缩，下部蚕丝生长尚好，这是培养基太干、培养温度太高造成的。因老化或生产性能差，瓶口上部细菌过厚；白色或浅黄色结块或绿色、黄色、黑色或橙色等各种霉菌菌落和害虫被消灭。二、香菇。菌丝白色，呈棉绒状，生长均匀，有独特的香味，无厚厚的菌盖，易形成原基，抗病虫害的为优良菌种。瓶内菌丝稀疏，可见木屑颗粒。是因为培养时间不够或基质氮源不足，瓶内菌丝脱落、收缩、蓖麻呈褐色，说明菌种太老，应尽快使用. 3、平菇。菌丝致密、白色、粗大、棉絮状，有爬壁现象。如果菌丝稀疏或成束，说明培养基太湿；如果菌丝生长缓慢或不向下生长，说明培养基太干；如果瓶袋内出现大量原基，说明菌龄太老；萎缩，基部有黄色积液，为老菌，表面或瓶壁有霉斑、对纹、湿斑等均为污染菌。四、木耳。菌丝白色，结实，生长快，整齐均匀，是优良菌种。经过一段时间的培养，瓶壁出现菊花状胶质原基，呈褐色或深褐色，属正常现象。如果菌丝稀疏，则可见中等颗粒。原因与蘑菇菌株相似。原基出现在菌丝饱满之前，表明生理成熟度过高，或转管数量过多；基部有淡黄色渗液，为老株。菌丝仅限于某个角落的生长，不再蔓延的则与堆肥的湿度有关。五、银耳。银耳菌丝和香灰菌丝比例合适，在培养基上形成“白毛球”或胶状耳基，瓶内香灰丝生长旺盛均匀，可产生黑色斑点，成束状后期耳根下分布，无其他斑点，银耳菌丝进食深，耳根下分布粗，白色毛球旺盛，耳根大，是优良品系。如果白色毛球很小，容易糊化，说明菌种已经老化；菌丝稀疏，不深入基质，子实体呈胶团状或胶刺状，培养基不张开，说明培养基太湿；表面菌丝隐退、耳基红色、红褐色积液与螨虫污染有关；培养基表面有一层薄薄的菌膜，下部仍有银耳原基，说明菌体不纯。 6、金针菇。菌丝外观为白色、粗或细粉；生命力强，后期在培养基上成团出现小子实体，是优良品系。如果菌丝不能向下深深地生长。并且介质太湿有一个明显的限制；菌丝稀疏，可能与培养基氮源含量不足或菌株生长下降有关；如果子实体出现在瓶壁上，菌柄突出，表明培养基正在干燥和收缩。瓶子里面是粘液状的，就是细菌污染了。
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