1、种植过密。由于温室设施投资较大，在蔬菜种植过程中试图通过增加种植密度等措施来提高产量从而提高经济效益是不科学的。保护区水肥充足，湿度大，温度高，同一物种在保护区内生长潜力较强。种植密度过高，往往导致田间冠层封闭，通风不良，易诱发病害。因此，与露地相比，同一品种的光照相对较差，种植密度应比露地小。
2.忽视微肥。一些菜农往往十分重视大量元素的施用，而低估或根本不补充微量元素，极易诱发生理性疾病。蔬菜施肥应以提高土壤肥力、降低硝酸盐含量、提高蔬菜品质、提高产量为原则。以施用有机肥为主，推广配方施肥，控氮、稳磷、增钾。提倡使用生物有机肥、复合肥、蔬菜专用肥，有针对性地使用微肥。氮肥要适时适量施用，不可过量施肥。收获前20天禁止使用化肥。
3.滥用植物生长调节剂。植物生长调节剂在调节蔬菜生长、促进生根、控制瓜类性分化、防止落花落果等方面发挥着重要作用。因此广泛应用于瓜类、豆类、绿叶、茄果等各种蔬菜中。但生产中常出现使用浓度过高、使用期限不当或重复使用等问题，给蔬菜生产造成损失。低温时期坐果浓度过高，易导致果实畸形。因此，有必要了解其作用机理、浓度、使用期限、使用频率等。一般不推荐使用无公害蔬菜和绿色蔬菜，而禁止使用有机蔬菜。
4、连作问题。在一些地区，由于某种作物利润很高，种植者经常在受保护的土地上年复一年地种植相同的作物。土壤肥力无法恢复，最终导致各种病害加重，产量降低，品质下降。一般避免同科蔬菜连作，蔬菜与同科作物连作的时间间隔至少应为两年。在保护区内，由于没有严酷的冬季和炎热的夏季，病原菌卵繁殖快、数量大，因此需要实行轮作。一般轮换周期为3至4年。轮作原则上应以高产高效作物为主要作物。轮作应有利于防治病虫害，提高土壤肥力，注重生物之间的相互作用，尽量使上、下茬作物和相邻间作作物发挥互利或偏利的作用。还可以利用作物与杂草之间的相互作用来控制病虫草的发生。
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