大多数动物感染乙脑病毒后不会发病,但马的发病率很高,甚至比人高10倍以上。日本脑炎病毒引起的马脑炎在中国和日本均有发生,但马病毒血症少见,不足以感染吸血蚊子。因此,马成为JE传染源的可能性很小。
猪病毒感染后不会出现脑炎症状,病毒主要侵入猪的生殖系统。母猪表现为流产死胎,公猪表现为睾丸炎,只有子宫内感染的猪胚胎存活并出生,小猪才会出现惊厥等神经系统症状。而猪的乙脑病毒感染率高,血液中病毒时间长,病毒含量高,所以猪是乙脑的主要传染源。在日本的一些地区,通过管理生猪养殖、将养猪场与村庄分开以及改善猪舍卫生,日本脑炎的疫情得到了有效控制。