1.马立克氏病毒(MDU)存在于环境中。
MDU(马立克氏病毒)广泛存在于环境中。如果不好好控制环境卫生，鸡一孵化就可能感染马立克氏病毒。虽然我们在一日龄时注射了马立克氏疫苗，但实验表明，注射马立克氏疫苗后，鸡体内至少需要1-2周才能产生抗体，达到保护水平。接种后2-4天保护率只有50%左右，8天70%，2周80%-90%。1日龄雏鸡对马立克氏病的传染性高达1000-10000倍。污染的垫料草、鸡粪和羽囊上皮细胞中的病毒对外界的抵抗力强，存活期长，对马立克氏病的传播起了很大的作用。鸡粪和垫料中的病毒在室温下可保持感染性16周，而干羽毛在室温下可保持感染性3个月，在4下至少可保持7年。因此，鸡接种疫苗后的“环境卫生”非常重要。
2.母源抗体的干扰
同源抗体可以干扰细胞结合和非细胞结合疫苗，尤其是HVT。鸡的独特母源抗体可影响同血清型马立克氏病疫苗的效果。母抗体能中和MD减毒株。试验表明，在没有母源抗体的鸡群中，MD弱毒株的疫苗对预防和控制MD强毒株的侵袭特别有效，母源抗体的保护作用会大大降低。
3.其他病原体的早期感染
60-70日龄鸡接种新城疫疫苗，刺激了马立克氏病的发生。鸡的中间白痢可引起马立克氏病的暴发，繁殖期感染白痢也可引起马立克氏病。在20-30周龄的蛋鸡中也报告了马立克氏病，这表明疫苗的保护作用在某些情况下被破坏了。因此，影响马立克氏病发生的因素很多，其机制有待进一步研究和发现。
4.马立克氏病毒超级毒株的出现
国外有报道，一些国家分离出了马立克氏突变株(VUMDU)和马立克氏超级株，都属于血清型I，鸡感染后会大量死亡，可破坏HVT对马立克氏病的防御能力，HVT疫苗不能完全控制马立克氏病的发生。
5.应激反应
鸡的应激反应可以诱发多种疾病，包括马立克氏病。应激可引起细胞免疫功能下降，但在马立克氏免疫机制中起主导作用的是细胞免疫。压力反应往往是人们没有注意到的一个重要因素。
6.疫苗的免疫效力
马立克氏疫苗的空斑数应在2000以上(DFU)。进口疫苗一般4000-6000 (DFU)。大剂量的疫苗有利于免疫的早期建立。HVT疫苗只能预防马立克氏病，但不能预防MDU感染，也不能预防马立克氏病毒的传播和环境污染。因此，最好选择SPF鸡蛋生产的疫苗，以免影响马立克氏病的免疫效果。
7.疫苗的保存和使用
如果疫苗保存在不适当的温度下，会大大降低马立克氏疫苗的活力，甚至失去活力，不能在鸡体内产生免疫力。稀释后的疫苗必须在1-2小时内用完。数据显示，疫苗稀释1小时的空斑数从1500下降到700，2小时后下降到450。因此，注射马立克氏疫苗必须严格遵守操作规程。
8.遗传易感性
一些品种对马立克氏病有很强的抗性，而另一些品种则比较易感。
9.饲养管理条件
饲养的营养水平、温湿度的变化、添加剂的种类都可以间接或直接影响马立克氏疫苗免疫的建立。
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