三疣梭子蟹的幼体畸形，主要是胸甲短或短，或颌足外肢的泳毛不发达。在静水条件下，畸形个体很难浮上来，要淘汰。白天孵化时畸形率很高。在夜间正常孵化的个体中也有发现。畸形的发生可归结于以下原因：亲蟹的捕捞、运输和后期管理存在问题，如亲蟹培育和暂养过程中水温变化大，可导致畸形。卵长期暴露在空气中或被池底沉积物污染，也会引起孵化异常或幼虫异常。水中重金属离子超标也会导致畸形。这种原因引起的畸形可以通过在水中保持2 ~ 5g/m3 EDTA来防止。
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