需要与该病鉴别的疾病有球虫病、坏死性肠炎和组织滴虫病。
(1)球虫病常并发溃疡性肠炎。球虫病肠道出血严重，大便涂片可见球虫病囊肿。
(2)坏死性肠炎和本病是两种不同的疾病，要从临床症状和病理变化上加以鉴别。病变主要在空肠和回肠，有纤维素坏死，病原体为产气荚膜梭菌。
(3)组织滴虫病盲肠内容物为干酪样塞，肝脏上有大小不等的圆盘状坏死区；溃疡性肠炎有盲肠溃疡、肝脏坏死和脾肿大。
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