菠菜通常被称为雌雄异株植物。异花授粉作物，不同品种相隔1000米，原种相隔2000米。
采种方法一是老根秋播，即深秋播种，四片以上真叶越冬，第二年采种；二是埋头采种，即在立冬前后播种，种子在土中越冬，第二年采种；三、当年直播法，即3月初播种，当年制种。采种是主要方法。
收获的种子成熟后容易脱落，植株间成熟度不一致。所以在晚播的植株开始变成黄石的时候，就全部收割，然后堆放一个星期，晒干脱粒，清洗干净，入库。一般越冬种子亩产200公斤左右。
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