成熟的子实体，颜色为白色或微黄色，表面布满菌刺并下垂，形似菜花，更似猴头。真菌表面形成大量孢子，很快就会释放出来。子实体直径8 ~ 15厘米，鲜重50 ~ 150克，甚至更大。掌握生产成熟阶段，适时采收，是提高产量和品质的重要环节。如果采收过早，子实体生长不充分，产量低，收益低；采收过晚，菌刺过长，大量孢子散落，子实体质地疏松，颜色变黄，味苦，降低品质和食用价值。
采收方法：瓶栽者一手握住菇瓶，另一手轻轻拉出子实体基部。底座不要在瓶内停留太久，以免影响下一批子实体。塑料袋种植要用锋利的刀片，用75%酒精消毒，在子实体基部沿袋面水平切开，避免切膜，防止被其他细菌感染。采收后的子实体应小心处理，防止压碎损伤，影响外观和质量，降低商品价值。
收获后的子实体立即按大小分级，然后把梗朝上放在通风的竹帘上，在太阳下晒干1-2天，然后翻面晾干。晒干的猴头菇色泽好，泡水后能恢复原形。如遇雨天，子实体成熟必须采收时，可放在铁丝网筛上，用电炉或炭炉烘干，有条件的单位也可用干燥箱或烘干机烘干。不管用哪种方式烘干，都要注意火候。刚开始的时候，因为鲜猴头菇含水量多，所以温度要控制在40左右。水分逐渐流失，子实体变软后，将温度提高到60左右，直至干燥。干猴头菇香味浓郁，颜色变黄或黄褐色，泡水后外观有变化。但不管是晒干还是晒干，菌刺都要保持完整，以免折断，降低品质。干燥后的猴头菇应及时装入无毒塑料袋中，袋口扎紧，存放在通风干燥处，以防霉变腐烂。
此外，还可以加工成盐渍猴头菇。方法是将新鲜子实体的苦味梗切掉，用清水冲洗干净，然后放入0.1%的柠檬酸中煮10分钟，取出后用冷水冲洗干净。冷却后，拧干水分，加入鲜猴头菇重量四分之一的精盐，逐层加入，储存在瓷缸中。之后上下翻3 ~ 4遍，压竹石，使猴头菇全部泡在水里；食用时用清水浸泡、冲洗、脱盐。
猴头菇的梗和孢子中含有苦味，不加处理食用会影响其风味。因此，在烹饪前，应将鲜猴头菇或干猴头菇在清水中浸泡两小时，或在0.1%柠檬酸水中浸泡半小时，以去除苦味，将其榨干并切成块，然后加入其他配料进行烹饪，这样既能去除苦味，又能保持原有的色、香、味。
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