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1.保证菌种的纯培养，注意不要使用杂菌污染的菌种。
2.低温保存菌种，如平菇、香菇等。在4有利于保存菌丝体活力，而草菇等高温菌株在16有利于保存菌丝体活力。
3.避免在单一培养基中多次传代，菌种不宜使用时间过长。过度老化的菌株会老化，老化和降解是有机联系的，生存能力弱的菌株容易降解。
4.菌种要定期复壮，复壮要在温度适宜、pH值适宜、含氧量充足、无杂菌培养的条件下进行。
5.每年进行孢子分离，通过有性繁殖发现优良菌株，通过组织分离巩固优良菌株的遗传特性。
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