1、不分用途混储。按照过去的习惯，一些农民仍然只有一个地窖。用于多种用途的块茎，如食用马铃薯、商业马铃薯、种薯和加工马铃薯，或几种不同品种的马铃薯，都储存在这个地窖里。这不仅造成品种混杂，疾病传播，影响物种性质，而且不利于保持食用马铃薯的质量和加工马铃薯的价值，从而直接影响农民的经济效益。在储藏过程中，只有满足不同用途的块茎对储藏条件的不同要求，才能达到预期的储藏目的。
2.入坑块茎质量无法保证。入坑质量要求入坑个体完整，薯皮干燥，无腐烂等杂质。但是到了秋天，入窖的时候，农民都尽量省事，不想用更多的劳动力。不经干燥和挑选，他们将土壤与块茎混合，将潮湿多雨的块茎与冻坏、生病、受伤和腐烂的块茎一起放入地窖。入窖时，将土豆从窖口倾倒入窖，打碎土豆，或人踩在土豆上，造成土豆块受伤，严重影响入窖质量。土壤多了会造成湿度大，通风不好，同时会带入各种病菌，尤其是镰刀菌干腐病。当带病腐烂的薯块进入地窖，大量病菌直接接种到薯堆中，成为地窖中病害的病菌源；受损的马铃薯容易侵入真菌和细菌，会导致病害的扩大和传播；高湿度不仅能满足细菌繁殖和感染的条件，还能促进疾病的发展。同时也容易造成块茎过早发芽，影响品质。
3.存储管理不当。很多养殖户都有“自然管理”的习惯，就是天冷的时候窖池封好之后，不检查，不调节温湿度，储存的时候也不通风。导致春季开窖时出现冻窖、烂窖、热害、发芽、“脏心”等现象，造成很大的经济损失。其他的只注意保温怕冻。它们整个冬天都不通风，马铃薯呼吸产生的大量二氧化碳气体无法排除，阻碍了马铃薯的正常呼吸，使芽窒息，甚至影响出苗。即使春天开窖后，人进入窖内也不通风，导致人进入窖内窒息事故。
现代和半现代(土壤和海洋结合时)马铃薯地窖贮藏人，由于对马铃薯贮藏条件的要求认识不够，窖内贮藏过多，堆垛过高，堆垛过紧，通风间隙少，特别是温湿度控制不好，为贮藏病害的发生创造了条件；春季窖温高，使种薯过早发芽，降低贮藏品质。
4.储存窖的建设不科学。有的选址不当，在地下水位高的地方建坑，导致坑内湿度大，甚至出水；或者土豆窖背阴，正对出风口，容易冻窖。有的坑太浅，坑顶覆土薄，马铃薯上部接近冻土层，容易造成冻坑。有的没有通风通道，或者通风通道设置不合理，使窖内温湿度无法调节，无法引入新鲜空气，使储存的薯块受损。
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