(1)选择合适的西瓜砧木品种。断根嫁接的砧木品种选择与传统嫁接相同，即与接穗亲和性好，共生性好，对品质影响小。还要求下胚轴容易长出不定根和诱导新根。京欣砧1号是北京市蔬菜研究中心选育的西瓜砧木一代杂种，是冬瓜和荸荠的杂交种。是目前我国西瓜嫁接的理想砧木之一。西瓜高抗枯萎病，与接穗亲和力和共生性好，根系发达，下胚轴粗壮，不易白长，切根后易萌出新根，易嫁接，易成活。嫁接后地上部分生长势强，抗叶部病害，对果实品质影响小。
(2)砧木种子可直接播种在秧盘上，不要播种在穴盘或营养钵中。因为砧木植株大，可以适当稀播。秧盘内可填充营养土或石沙。如果填的是石砂，要喷1-2次营养液。当砧木的子叶展开时，接穗就可以在秧盘里发芽播种。由于砧木和接穗都播种在育苗盘中，不仅减少了冬季加热温室的育苗面积，而且便于管理。比传统的拼接法可提前一周播种。当砧木长出一片叶子时，接穗子叶展开，开始嫁接。
(3)将砧木靠近营养土的茎切下，然后去掉生长点，用左手食指和拇指轻轻夹住子叶节，右手拿一根小竹签(竹签粗细与接穗相同，竹签的一边切成斜面)沿平行于子叶的方向斜插， 即从食指向拇指方向插入，以竹签刚好到拇指为度，暂时不拔出竹签，然后在子叶方向下1cm左右插入西瓜苗。 削去0.3-0.5厘米长的面，拔出插在砧木上的竹签，立即将削好的西瓜接穗插入砧木，使其斜面向下与砧木插座的斜面紧密相连。然后，将嫁接苗直接扦插到装有营养土的穴盘或营养钵中，用独水浇灌。注意营养土中的粪肥和化肥要比传统嫁接方法减少1/2-2/3，过多的养分不利于诱导新根。
(4)为了保证嫁接苗在早春低温下有较高的成活率，需要保持较高的土壤温度和湿度，以利于砧木生根和伤口愈合。建议使用地热线路提高地温，嫁接苗生根期，即嫁接后5天内，地温不得低于20。同时拱棚覆盖薄膜，拱棚薄膜上覆盖竹帘、稻草或黑膜进行遮光。嫁接苗伤口愈合的适宜温度为22-25。通常新嫁接苗白天保持在25-26，晚上保持在22 -24，2-3天不需要通风。嫁接后3天内，晴天可全天遮荫，之后逐渐缩短遮荫时间，直至完全遮荫，并根据天气情况适当通风。一般来说，断根嫁接苗比传统嫁接方法需要多花1-2天的时间来闭棚，砧木的子叶也会稍有褪色。但只要温度适宜，水分好，嫁接5-6天就能诱导出新根，伤口也会愈合。为避免瓜苗过度生长，6-7天后应增加通风时间和次数，适当降低温度，白天保持在22-24，夜间保持在18-20。只要苗床土壤不过量，接穗不萎蔫，就没必要浇水。如果需要浇水，可以在水中适当涂抹一些杀菌剂(多菌灵、硫酸链霉素)进行喷水，可以预防病害的发生。1周后，甜瓜幼苗在没有遮荫的情况下或仅在强光下覆盖1-2小时即可轻度萎蔫
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