菌肥在温室蔬菜上应用，产量稳定，病害少。在大棚蔬菜生产中，将追施化肥改为生物菌有机肥，可以增加有机肥的施用量，提高室内二氧化碳含量。
有机肥中的肥料元素含量虽然低，但它所含的肥料元素是好的，而且还含有大量的有机质。施用有机肥不仅能满足作物对各种肥料元素的需求，还能显著增加土壤的有机质含量。通过土壤中微生物的作用，有机物转化为腐殖质。虽然它的含量很少，但它对土壤性质和植物生长有许多影响：
1.腐殖质能不断分解释放氮、磷、钾、钙、镁、硫和各种微量元素等。满足作物生长发育对矿质元素的需求。同时，腐殖质的分解可以持续释放二氧化碳，特别是温室内通风少造成的二氧化碳严重不足，有很大的缓解作用，从而提高温室的光合生产力。
2.腐殖质可以改善土壤的理化性质，促进团粒结构的形成，增加土壤孔隙度，提高透气性，调节水汽比例，促进土壤微生物的活动，使土壤变暖。
3.腐殖质是土壤中的有机胶体，带有大量负电荷，可以吸附大量阳离子，提高土壤的保肥能力。
4.腐殖质也有缓冲作用，可以调节土壤的PH值。特别是在盐碱地上，增加有机肥的施用量是改良盐碱地的有效途径之一。
有机肥的来源多种多样，如人畜粪便、农作物秸秆、杂草树叶、沼液残渣、酒糟、醋渣、饼肥等。都含有大量的有机物，但也含有许多有害物质，会对土壤和农作物造成不同程度的污染。因此，在使用之前，它们必须经过发酵和沤制，以将有害成分转化为无害物质。沤制方法是在粪肥中加入有益的生物菌进行发酵，然后制成生物菌有机肥施用。
有机肥经生物菌发酵后，含有大量有益菌，不仅能将有机肥中的各种有害物质转化为无害成分，还能活化土层，改良土壤，增加团粒结构，提高土壤的保肥蓄水能力。能促进作物根系的发育；能抑制和消除土壤中的有害真菌，减少病害的发生；它能释放已被土壤固定的肥料元素，重新被作物根系吸收利用，提高肥料利用率，减少肥料施用量，将氮转化为无害的有机氮肥.作物后劲足，生产的产品是无公害、绿色、均匀的有机产品。
不同的动物粪便含有不同比例的各种肥料元素。为了给作物提供适宜的生物有机肥，在发酵和沤制过程中，应根据不同粪肥的不同养分含量，适当混合其他粪肥、化肥或作物秸秆。
以鸡粪为例：新鲜鸡粪含氮1.63%，五氧化二磷1.54%，氧化钾0.85%，是一种优质有机肥，含有多种动物粪便中的多种有效营养成分。但其缺点是氮磷比例高，钾比例不足。然而，设施栽培的主要蔬菜品种瓜类和茄果类对钾肥的需求远远超过对氮素的需求。因此，在发酵和沤制过程中应适当添加玉米秸秆和硫酸钾，并调整氮、磷、钾的比例，使其更合理，更适合瓜茄果类的需肥规律。一般每2000公斤鸡粪与300公斤玉米秸秆和30公斤硫酸钾混合，在搅拌的同时，喷洒30-75公斤含500克生物菌和200克红糖的水溶液，用塑料薄膜密封，发酵
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