选择优良的脱毒菌株是保证菌株不含任何病毒和病菌，保证菌丝体健壮，提高菌丝体抗性的有效措施。脱毒菌种是采用先进的分离培养技术，经过从菌丝体到探基或子实体四个完整周期的脱毒操作而培养出来的一类菌种。除了保持原毒株的生物学特性外，无病毒株不携带任何病毒和病菌，这是它的优点之一。由于脱毒过程中人为控制了基质和温度，对外界条件的适应性和抗逆性大大提高，这是脱毒菌株的第二个优势。脱毒过程也是一个在恶劣条件下的驯化过程，使菌株从一开始就生长在一个相对的环境中，在逐渐的生长发育过程中自然增强其抵抗力和抗病性，这是脱毒菌株的第三个优点。综合结果表明，脱毒菌株综合发病率下降60%以上，为栽培生产奠定了良好基础。
在菇棚和栽培环境中进行严格处理是消除残留病毒和病菌的主要手段。菇棚栽培，尤其是老菇棚，由于长期栽培形成的易发病条件和栽培中残留的病害菌丝和孢子，再次栽培时容易造成危害，是老菇棚栽培产量低、病害严重的主要原因。一、清理菇棚周边环境，如粪堆、草堆、垃圾等。并与杂草一起喷洒多菌灵剂500次左右多次，彻底清洁环境。其次，要把老蘑菇棚的墙皮刮掉。在条件允许的情况下，表层可连根拔起1cm左右，打底后，可拌50倍的蘑菇曲冰王溶液。地毯喷涂应在工棚内进行，甚至是墙面、墙角、立柱、通风孔等。应该是喷的不留死角。去掉棚膜上的覆盖物，暴露在阳光下。大概5 ~ 7天就可以开始了。这种措施可以彻底杀灭棚内的病毒和致病菌，其基本原理是：蘑菇曲病王是一种抑菌剂的复合物，对病毒和致病菌有很强的杀伤力。也可以用10倍浓戊二醛溶液和200倍金星溶液。虽然甲醛在生产中刺激性比较大，但是聚甲醛溶液的喷雾效果也很好。一般多菌灵：甲醛：水的比例为1: 2: 100。如果上季发病严重，可适当增加浓度。对于原发病严重的菇棚，上架、塑料薄膜等。可以去掉。稻草杂草可以堆在棚里，点燃焚烧，草灰可以翻入土层，架子上再盖一层膜，然后喷洒。效果很好。这种方法是物理和化学方法相结合进行的，比较彻底。但具体操作应选择无风天气，并提供合适的灭火手段。蘑菇棚集中区域要统一行动。另外，靠近村庄和建筑物的蘑菇棚也不宜采用这种方式，以免发生火灾危险。
覆盖物的有效处理是防止病害入棚的重要环节。对于覆土材料的处理，我们倾向于暴晒，堆放。在选择土壤覆盖材料后，我们将它们在硬化的地面上暴露在阳光下。随着转动，土壤颗粒的粒径保持在0.5厘米以下，大部分呈粉末状。我们准备100倍的蘑菇去病王溶液，边喷边搅拌，重复两次。棚子建成后，效果极佳。
基料处理要严格，这是保证“不生病进棚”的关键环节。这一阶段包括干料的暴露处理、发酵处理的均匀性、装袋播种的标准化、熟料接种、菌类培养等环境的清洁。出菇后，应在出菇袋入棚前配制200倍菇曲冰王溶液，并放入大盆等容器中。入棚前将菌袋逐一浸泡洗净。
温室喷药是管理中的主要预防措施
把疾病消灭在萌芽状态。在开始时，它是防止疾病繁殖和造成危害的主要措施。对于首次发病，要以狠心彻底治疗。菌包立体培养的，连同病原菌包一起清理出棚，浸药后深埋。量大的时候可以喷完闷，也可以撒石灰粉闷。方法是：堆好后，用薄泥把料土堆封起来，让它自然发酵，产生热量，杀死病菌。对于覆盖栽培，要将病区范围连同基料一起扩大到底，并清理出棚。
有效预防和杀灭害虫也是控制害虫的重要措施之一。大多数害虫经常携带大量细菌。它们一旦进入棚内，就能形成“病源”，四处传播。因此，在防治疾病时，一定不能忽视对害虫的控制和杀灭。主要措施是：清理外部环境，喷洒低毒控制虫源；蘑菇棚门口铺石灰过道2m以上，防止爬行动物进入；通风口和门口用防虫网封住，防止飞虫进入；发现虫害后，采用诱杀的方法，效果较好。对于蘑菇、蚊子和苍蝇，可以在出菇间隔期喷洒害虫杀死。也可以准备糖醋液诱杀。按高度白酒：糖：醋：水1: 2: 3: 4的比例配制好混合物后，按生产方式加入3 ~ 4滴DDV液，放入容器中，成虫飞进即可杀死。
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