金橘的常见病害是根腐病,多为土壤清水所致。盆栽烂根较多。宜注意排除地下水。上盆时,苗与盆要成比例。盆土不宜过湿,以增强树势,降低病害率。第一次出现时,可以节水,适当排水;严重时难以恢复,可尽快清除病株,加强重点植株管理。其他疾病包括炭疽病和树脂病,但它们发生的频率较低。可按一般植物病害防治措施,喷洒波尔多液、800倍赛那敏、2000倍甲基莫布津进行防治。
金桔常见的害虫有红、黄蜘蛛,叮咬吸食枝叶汁液。 6-9月发生最为旺盛,严重损害树势。可用波美0.3%石硫合剂喷洒,或40%乐果乳剂1000倍液加80%敌敌畏乳剂800倍液,或50%敌百灵可湿性粉剂1500倍液,共3-4次,半个月一次,持续预防,效果显着。
此外,还有一种潜叶虫广泛为害柑橘的嫩枝叶,金桔也易受其危害。这种损害在夏季和秋季的嫩芽中最为普遍。当新芽长出一厘米长时,可喷施苏云金芽孢杆菌生物农药。或者梭状芽孢杆菌1000倍液,效果特别好,可以防止水果污染。