3.2 回风污染控制
在降温过程中，灭菌后的培养基因培养瓶（袋）吸回腔内含有细菌的冷空气而再次受到污染，称为回流污染或吸入污染，应予以防止。这是食用菌产业化栽培中非常容易出现的问题，也是我国食用菌产业化栽培出现问题的主要原因之一。
在冷却过程中，当介质温度从90冷却到20时，大约50%的介质体积会从外界空气中吸收。防止回流空气污染的对策是：注意锅温，在80以上进行锅操作； 在无尘环境下放凉，建议加装HEPA滤尘装置，或采用喷雾消毒彻底消毒，喷雾消毒必须进行2次以上，分别在高压灭菌器运行前和高压灭菌完成后1小时，室温60以下，每平方米喷洒量150mL（顶棚高度3m）； 使用常压灭菌器时，必须迅速降温，尤其是40-30（耐热菌的发芽温度）的温度区，应在短时间内通过。
3.3 初始培训管理
1200mL培养瓶中鹿茸菌总培养天数为60-70天。从开始栽培到菌丝蔓延结束需要40-50天。控制室内温度20-23，瓶间温度不超过26，湿度60%-70%，CO2浓度2.5以下，暗培养（检验除外） 灯光）。后熟期为菌丝蔓延结束后10天。温度控制在23，瓶间温度不超过26，湿度70%~80%（注意表面干燥）。
鹿茸菇生长缓慢，成活晚。与其他食用菌品种相比，易受有害菌污染，污染率高。如果培养基被有害菌污染，对出菇影响很大。如果被木霉菌污染，可能会导致不发芽。为了防止有害菌的混入，初期的培养管理非常重要。初期培养室最好安装净化系统。此外，还应注意：
要求菌种接种量大
一些，为25mL，接种后瓶盖要密贴菌种，减少菌床表面的间隙（空隙）；
②接种后10天内须防止强风；
③冷藏菌种务必在室温下进行驯化处理后再使用。
3.4 催蕾及出菇管理
鹿茸菇出菇期，室内温度保持14～22℃均可，但高于18℃时产量会下降，低于16℃时，采收期会延长，因此以16～18℃为最佳。
搔菌为菌床表面搔掉10mm左右深后倒立出芽。搔菌后不需注水，以免引起污染。出芽管理温度为16～18℃，湿度为95％以上，菌丝再生的前5天注意不可干燥，CO2浓度为3‰以下，光照度200～500lx，白天开灯。倒立培养天数为10～12天，确认发芽后菌床正立。控制湿度90％以上，拉开干湿度差管理。搔菌后25～30天可以采收。
采收前5天，尽量不要加大湿，采收前3天，尽量不加湿。鹿茸菇菌柄是中空的，采收前要控制湿度，高湿会形成“水菇”，货架期缩短。
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