翻面整平：在堆后发酵过程中，堆本身在大量有益微生物的参与下不断发酵。微生物在繁殖和新陈代谢过程中，会排放出各种有害气体，并储存在烟囱内部。必须通过全面车削和松动来消除。通常翻转两次。翻格子时，先把材料堆在一边，然后用双手松开材料，朝没有材料的方向翻动，捡起粪便和杂质，排除废气，这样种植后菌丝会很快恢复.最后一次翻格子时，菌床四周无草边，堆肥应基本垂直排列在菌床四周，为泥边做准备。同时做好床面堆肥的整平工作，为定植做好准备。后发酵结束后，材料达标。颜色：深褐色，材料中有毛状白化现象（嗜热菌、嗜热真菌、嗜热霉菌）。触感：材质柔软，易折断，有弹性。气味：无异味。水：堆肥的含水量应为60-62%。如发现物料发干，可用2%碳酸钙水溶液或5%石灰水调和。测试：测量堆肥的pH值为7.2-7.6。除氨处理：常见的异常现象是堆肥后发酵处理后的堆肥中存在大量游离氨。氨是碱性的，会毒害菌丝体。氨气挥发性强，物料中挥发的氨气会熏染蘑菇菌丝，使菌丝蛋白变性，使新植菌体失去恢复能力，造成氨害。在较轻的情况下，许多鸡腿菇。在饲料中生长，抢夺蘑菇的养分，严重时抑制蘑菇菌丝体的恢复，甚至对蘑菇菌丝体造成致命的伤害。
好的堆肥，经过后发酵，应该没有异味，更没有氨味。如果材料中有很多氨味，主要是氮肥添加过多或堆肥时添加时间过晚造成的。如果堆放的物料在室外完成发酵，物料本身的氨含量就会很高。如果室内后发酵物料温度不高，时间短，脱氨微生物就不能充分吸收利用。如发现料有氨味，应拒绝种植，以免造成损失，并加强菇房通风。同时根据物料中含氮量的多少和干湿程度，用过磷酸钙（水溶液）处理（一般15-30公斤111.1平方米（1000平方英尺）），具体措施根据物质条件制定。过磷酸钙含有游离酸和硫酸，所以呈酸性。氨水呈碱性，在饲料中加入过磷酸钙，会产生二元复合肥。氨过磷酸钙，从而消除氨，固定氮，播种前。甲醛具有很强的刺激性，使操作者不舒服。同时，经过处理后，氨味无法完全消失，最好不要使用。
蘑菇在一个简单的塑料棚里堆放和发酵。堆垛棚后发酵是继型煤炉加热发酵处理后的另一种后发酵形式。 1979年在福建蒲田首次试验成功，又被称为蘑菇堆肥的简易二次发酵法。堆放后发酵处理阶段在塑料大棚内进行，就地取材，简单易操作。不仅可以利用太阳能，还可以利用堆料的料温达到后发酵的目的，从而节省燃料。特别适用于菇房面积大、结构差、能源不足的地方。
但大棚发酵后处理的主要问题是大棚搭建成本高，塑料大棚容易受到外界长期恶劣天气的影响。棚内物料温度升高后，很难控制下降到养分转化阶段的最适温度范围内。堆放中的养分不易充分释放等，因此应采取相应措施避免这些问题的发生。
堆放简易塑料棚后发酵也需要在室外发酵，堆放的基本原则和方法同前。但不同的是，室外堆放时间要适当延长，总堆放期约14-15天。翻动次数也相应增加。堆料入棚后发酵标准与以前基本相同。堆料进棚发酵前，还应做好搭通风架（风管）、拉出风管、搭棚等工作。
材料准备：准备毛竹、毛竹（或杂枝）、小杂竹14号钢丝、小麦草、苗膜（老）等。桩侧，清扫场地，做好除虫消毒处理，开始铺设地面通风通道。略用毛竹，先做几个毛竹鼎。鼎底宽1米，高0.5米。然后每隔2米连接三脚架，形成一个简单的三角形地面通风通道。通风通道的长度略长于料堆的长度。通风道两侧，铺着稀疏的小杂竹麦草。物料上架（气道架）：当物料温度再次升至70左右时，对堆放场地表面进行一次驱虫消毒，开始上架物料。在中间，向左右堆起，从地面到顶部形成一个宽度为0.8米（共1.6米），高度为1.6米的桩。同时，每翻动70厘米的材料，在通风道架中央放置一个用小杂竹制成的鼓风机。管子的直径约为25 厘米，用于通风。将所有堆放的材料放到架子上后，开始搭建棚子。发酵塑料大棚施工后：材料上架后，按照尼龙育苗的方法，用竹片和小杂竹整堆搭成薄膜骨架大棚。棚子的高度和宽度应高于桩面30厘米。将框架外的薄膜全部覆盖（露出吹风机），覆盖时薄膜要平直，薄膜与地面接触约20厘米，以便薄膜与地面固定密封泥。用薄膜包裹脚手架上方鼓风机的周围区域，以促进桩内空气循环的加速。整个发酵塑料棚的外侧要用草绳固定，以防堆棚发酵过程中的大风和暴雨。
棚内后发酵过程：搭好棚后，对棚内四周进行驱虫消毒，在料外用空心竹竿插入料内，放置温度计检查料内温度。材料。封好塑料棚，用稻草堵住所有鼓风机。堆料在棚内开始自然升温。当物料温度升至65左右时，将吸管全部从风机中拉出，将堆放物料两端的地面通风通道暴露在塑料大棚内，使其昼夜自然通风，减少材料堆放量。内部温度增加了桩与空气之间的接触。一般需要4-5天，棚内堆料后发酵过程结束。后发酵后堆料呈红褐色，富有弹性，无异味，散发出宜人的甜香，料中出现大量白色毛状霉菌。 （来源：读史环游世界）
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