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香菇是一种好氧真菌。氧气不足会抑制菌丝体的生长繁殖和子实体的发育，甚至造成死亡。木耳条栽培阶段，需要新鲜空气和充足的氧气。菌丝体虽然可以在缺氧条件下通过酶解暂时维持生命，但需要消耗大量的养分，而且菌丝体容易老化和死亡。
香菇子实体的生长期需要更多的氧气，排放更多的二氧化碳。当二氧化碳浓度超过1%时，子实体的生长受到抑制甚至畸形；当二氧化碳浓度超过5%时，子实体不能生长。
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