1、播种后菌丝不发芽，不吃料。播种后菌丝生长不良，菌种不发芽，不吃料，只在料表面生长而收缩。这是由于菇房温度、通风、湿度不当造成的。如果培养物表面干燥，及时喷洒过磷酸钙或磷酸二氢钾溶液；物料过湿应加强菇房通风；菇房内温度高时，应采取降温措施，使其达到适宜温度适用范围：当菇房内有氨味时，及时增加通风，在培养料表面戳孔去除氨气。
2、覆土后菌丝生长过多。播种后，营养生长过于旺盛，蓬松的菌丝生长密集，常从土表冒出，形成致密不透水、不透气的“帽”层。主要是高温高湿，菌丝生长过度。防止菌丝“凝固”的措施是加强菇房通风，降低菇房温度和湿度，菌丝长出时及时喷洒“菇水”，以利于原基形成。覆盖土层。喷水不宜过快，早晚凉爽时喷水。一旦发现菌丝生长过多，及时用刀或竹片挑出菌盖。
3、覆盖土层菌丝退化。覆土后3--5天，菌丝体不沾土，呈灰白色稀薄状。严重时物料表面看不到菌丝体，甚至物料表面呈黑色，这是菌丝体收缩所致。其原因是覆土后浇水过多过快，造成菌丝缺氧窒息收缩。应立即停止喷水，加强通风，以利菌丝恢复爬土。
4、薄皮香菇。子实体生长过程中，由于气温高，子实体生长快，出菇密度过大，养分供给不足，易出现薄皮菇，产量低低，质量差。为避免这种现象，喷水时应加强通风，适当增加堆肥和土层的厚度，并加强出菇期的水分和温度管理。
5、空心菇。主要是出菇期间水分管理不当所致。出菇期间，菇房温度高，湿度过低，菇体内水分蒸发快，快速生长的子实体得不到水分补充，会形成白色疏松的髓部。蘑菇的茎，甚至在菌柄中会形成一个空腔。有时因温度低，子实体生长缓慢，滞留时间长，在床面上形成空心菇。为防止空心菇，在双孢蘑菇盛花期应加强水分管理，及时喷水，适当间歇喷重水。同时，还应注意温度的控制。
6、用力撑开伞。当气温变化较大，昼夜温差达到10以上，菇房内气温低，通风过多时，容易造成正在生长的未成熟子实体张开雨伞或裂缝。为防止幼菇过早开裂，当外界温度下降时，保持菇房温度和湿度稳定，疏松土层，使土层中的老菌丝断裂，促进新菌丝萌发，保持床面适当的含水量。
7. 锈斑菇。子实体出土后，菌盖表面出现褐色铁锈斑，虽未长入菌内，但菌质下降。原因是喷水后没有及时通风。由于空气湿度大，蘑菇表面的水分蒸发缓慢，上面出现小水珠。随着时间的推移，形成棕色锈斑。菇房内要保持空气新鲜，喷水后及时通风透湿。
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