春季栽培的银耳多为绿霉菌，部分根霉菌和毛霉菌也被污染，链孢菌属则很少见。绿霉菌、毛霉菌、根霉菌常出现在菌袋接种孔边缘，或出现在菌丝前端，也可出现在袋壁两孔菌圈相连时9接种后-10天。绿色霉菌也发生在子实体上。让耳朵发霉。脉孢菌多发生在袋口的缝隙中。造成污染的原因主要是料袋灭菌不彻底、无菌操作不严、袋膜破洞、细菌不纯以及对环境造成污染或破坏。
为避免细菌污染，关键是要做到以下几点：
1、净化菇房环境：勤打扫环境，撒石灰粉消毒：栽前严格对室进行消毒灭菌，杜绝污染源。
2、原辅材料的选择：要求棉籽壳、麦麸无结块、霉变、无变质，置于烈日下进行杀菌，并提前检查栽培袋质量。
3、规范制作菇袋：培养料含水量不得超过60%，装袋蒸煮时间不得超过6小时，以防物料变酸。灭菌需要在100下保持24小时，中间不要降温。
4、坚持无菌操作：对接种室进行彻底消毒灭菌，选用合格的消毒剂，使用超强洗涤剂，每袋加水10-20公斤，喷洒空间、架床、部位，然后使用消毒盒每立方米要小于5克，消毒时间为1小时。接种需要通过酒精灯的火焰。
5、菌种严格把关。选用菌种，春银耳菌种要求香灰菌丝较强，避免接种后温度低影响长穗，花白。复制细菌时，要注意根据种子箱进行消毒，运输细菌，防止破瓶开塞。
6、污染袋子的处理：对感染细菌的污染袋子要区别对待：轻度污染的要用袋子扎口，控制传播，然后消毒和接种；严重者应破袋取料，加入1-2%石灰拌匀。闷24小时后，摊在阳光下，下次栽培用。子实体被绿霉污染，应提前采收，用PH8石灰上清液擦拭穗基部，控制蔓延。
2.消灭害虫
1、细菌蚊主要是小细菌蚊。防治措施：经常清理环境，撒石灰粉消毒；在门窗上安装纱布，定期在网上喷洒除虫菊液或太保2000倍液；在屋内安装黑光灯进行诱杀。盛花期农药限于低毒低残留品种，如3000倍丽晶喷杀，或点蚊香，或用卫生丸粉碎熏蒸。
2、螨虫又名菌虱，品种繁多，常见的有普通螨类和粉螨类两种。防治措施：原料库应远离菇房，使用前需暴晒；周围环境要清洁；菇袋开封前要消毒，提前一天喷洒73%石墨3000倍液，然后将室温调至20，关好门窗彻底消毒空房间，去除药渣味， 并取下胶带；子实体生长初期发生螨虫侵扰时，可在菌袋旁边铺上新鲜烟叶，引诱螨虫紧紧地聚集在叶子上，然后取出烧死：也可将茶籽饼磨成粉，用小火炒至油香，出锅，洒在螨虫身上，诱捕后，捞出开水烫死。不得已可喷20%双甲曲乳油1000-1500倍液杀灭。
3、线虫防治措施：培养基要彻底消毒，检查水源，菇房要事先严格消毒，喷水不能太湿，注意通风。如菇房出现线虫，阴凉天用0.5%的石灰水或1%的盐水喷洒2-3次，并在菇房地面撒上石灰粉进行消毒。长耳期可用1%的冰醋酸或25%的米醋溶液喷洒患处。
3、疾病的防治
银耳病害分为传染性疾病和非传染性疾病。传染病是由致病菌引起的，非传染性疾病是由于生理病变和生产管理失控引起的。
1、白粉病又称白腐病，病原菌为顶头孢霉。防治措施：加强菇房通风除湿，出现幼穗时喷洒石硫合剂，提前采收，用锋利的刀刮去根部，用4%的石炭酸溶液涂于基部。耳朵，晚上用50%的防霉粉熏黑。
2.冷冻病原菌Fusarium solani。防治措施：原料在阳光下暴晒，原料含水量不宜过高60%；出孔前喷洒50%敌敌畏乳油1000倍液杀菌；切膜扩孔后，空间湿度不得超过80%； PH8的石灰上清液在育穗期预先采收，用5%的石灰水浸泡、洗涤，然后加工、干燥。
3、黑蒂的防治措施；真菌培养最好保持在28以下，适时剪膜扩穴增氧，促进菌丝正常代谢；幼耳期喷水应少而多，不可过多，防止耳根积水：同时注意通风。
4、腐穗防治措施：防止培养基变酸，料袋灭菌后注意散热，防止细菌培养过热。长穗期温度控制在23-25，及时通风，适量喷水，空间相对湿度在85-95%之间。如发现幼穗腐烂，应及时摘除，挖好地基，用石灰水揉搓，再用100%甲基托布津1000溶液喷洒防治；成熟穗发霉腐烂时，提前采收，用25%福美双1500倍液喷洒。控制病原菌的传播。
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