黑木耳是我国传统出口商品，已实现规模化、袋装化种植。但由于栽培方式粗放，缺乏科学的病虫害防治配套措施，导致病虫害种类日益增多，传播速度加快，危害不断加大。已成为黑木耳高产稳产的重要限制因素；因此，有效防治黑木耳病虫害、虫害和杂菌危害，是实现黑木耳高产、稳产、优质的重要环节。食用菌病虫害杂菌防治必须贯彻“预防为主、综合防治”的方针。要特别重视环境卫生和改良栽培技术的作用，选择生长势好、抗逆性强的品种，控制病虫害和杂菌的发生。确需使用化学药物作为辅助治疗时，应选择高效、低毒、低残留的药物，并及时、适当、合理使用。
1个绿色模具
症状：初期堆肥、椴木接种孔或子实体上长有白色细长菌丝，数日后可形成分生孢子。一旦分生孢子大量形成或成熟，菌落呈绿色粉状，无固定形状。包括绿色木霉、康氏木霉、木质素木霉。绿色木霉广泛存在于自然界的各种有机物和土壤中，绿色木霉的分生孢子也漂浮在空气中。用袋料栽培黑木耳时，各种机会可能将孢子带入木屑、麸皮、玉米芯等堆肥中，在生长势弱的子实体上形成菌落。采耳后的耳朵根部很容易感染绿霉菌。该真菌适宜在高温、高湿、酸性培养基条件下生长，主要通过分生孢子经空气传播。防治措施：保持周围环境清洁卫生； 耳廓、耳廓通气良好，引流方便； 拔耳后每3天喷1%石灰水； 使用新鲜堆肥，严格控制杀菌； 为防止卫生棉条受潮，菌袋破损，接种应在无菌条件下进行； 如果袋料中培养的黑木耳开口处有绿霉污染，可用石灰膏或甲醛溶液涂抹； 如果培养材料出现绿色霉菌，霉菌表面还没有渗入材料时，可以用pH值为10的石灰水擦洗，也可以注射菌农乐、甲醛等，并然后用透明胶带密封以控制绿色霉菌的生长。青霉、毛霉、脉孢菌等防治方法同上。
2 烂耳朵
又名柳儿。黑木耳烂穗是细胞充满水分而破裂的一种生理障碍现象。症状：耳片成熟后，耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。耳片成熟时如不及时采收，高温、高湿、光照差、通风不良，常会造成大面积烂穗。细菌和害虫造成的损害也是烂耳朵的一个原因。如果黑木耳用袋料栽培，堆肥过湿、PH值过高或过低，都会影响黑木耳的正常生长，造成烂穗。防治措施：加强栽培管理，注意通风、光照等； 及时采收，果穗接近成熟或成熟后立即采收； 用木刀刮去烂穗，用1%3%的生石灰水洗净； 大面积发生烂耳时，可喷洒0.5%骨病灵药液防治； 合理安排出穗期，避开高温高湿季节。
3 毛竹属
俗名金边蛾。症状：初期，木耳子实体革质，平躺在穗材表面。后来，边缘卷起来，经常相互连接，形成叠瓦。底座突出，边缘完整。有数圈同心环槽，外环绒毛较长，成熟后逐渐光滑，颜色淡淡。这种木耳是黑木耳椴木上常见的一种有害真菌，严重时可使木耳采收。该病与雨季菌丝生长、椴木含水较多有关。子实体的形成与阳光直射椴木有非常显着的关系。防治措施：降低空气湿度和椴木含水量，防止光线直射椴木。
4个牛皮箍
症状：常见的木耳有两种，黑色的和白色的。黑色的是小米棕，白色的是笋色。牛皮箍的特点是紧贴耳木，形似膏药，边缘不凸起，可与金边蛾区别。牛皮箍是一种杂菌，危害严重。潮湿、阴雨天气易发生。严重时会长满木耳，导致木耳腐烂。受损的真菌不会长出耳芽。被栽培为椴木黑木耳中的一种破坏性病害。防治措施：真菌避免阳光直射，耳桩注意通风，加强管理，勤翻杆、勤洒水、勤除草，清除过度遮荫的枝灌，特别注意雨后清理沟渠和排水污渍。注意不要让耳野积水。用小刀及时刮掉细菌和腐蚀的木头。刮伤的伤口可用3%5%的Lysol溶液涂抹，以抑制细菌扩散。若感染严重，应及时清除，送耳场焚烧或掩埋。
5黑光伪步甲
俗称黑壳虫或鱼虫，是椴木上栽培黑木耳的主要害虫之一。成虫黑色，有光泽，长方形；卵乳白色，长椭圆形，表面光滑；成熟的幼虫有坚硬的棕色体壁；蛹裸露，淡黄色。防治方法：冬春季节彻底清除耳田及附近的砖、石、瓦、枯枝落叶或烂草的树桩，集中或焚烧。 34月，越冬成虫活动期间，用敌敌畏200倍液喷地。当年接种的穗茎最好放在向阳坡上，在穗茎的两端放置小枕木，以利阳光和空气流通，抑制黑光假甲虫的发生。摘穗、翻竿时，如发现虫子，应及时捕杀。
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