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一般来说，香菇袋细菌感染的途径主要有四种：一是杀菌不彻底造成的；它是由细菌感染引起的。
如何诊断因灭菌不彻底引起的感染？先用排除法排除是菌种、微孔还是接种操作引起的，再根据灭菌不彻底引起杂菌感染的特点进行综合分析判断。一般灭菌不彻底引起杂菌感染最明显的特点是当菌袋没有微孔时，在袋的起始处会出现点状的细菌污染点，逐渐扩大，种类繁多细菌。
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