一是生料本身含有多种杂菌，所以生料在栽培前要先晒晒太阳，最好在混合物中加入杀菌剂。二是露天栽培和粗放经营，栽培环境（老菇场）污染严重，增加了堆肥中细菌的数量和种类。因此，要加强栽培管理，对老菇房进行消毒。三是使用老化退化的菌种或使用量过少的菌种，会削弱平菇菌丝的生长优势，无法控制或抑制杂菌的生长。 4、栽培管理措施不当，如物料水分过多、装料过紧、透气性差、高温天气的影响等，都会抑制平菇菌丝的生长。不要以为水越大，产量就越高。 6-8月气温过高时，必须进行单层放置和水分管理。
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