双孢蘑菇的三级菌株大多以小麦籽粒为原料进行栽培。在实际生产中，发现污染率高，或出现异常现象。原因是菌种生产操作不规范。现提出具体规范的操作技术，供菇农朋友参考。
1、原料处理：牛粪粉碎过筛后，按1：1.2加水拌匀，堆放发酵，每天翻动一次，约20天，牛粪粉呈褐色，具有一般发酵饲料的香味，放在阳光下。晾干备用。对于没有水分的小麦，将其彻底浸泡并捞出。适当遮荫通风。当皮肤变得干燥时，用细雾喷洒它以滋润它。 24小时后，它就会发芽。当麦芽长到1-2厘米时，就可以使用了。
如果有虫蛀的小麦粒也可以用，但虫蛀后的粒粒有孔洞，淀粉容易流出，必须多洗几次；然后倒入pH值为8-9的石灰水中，浸泡6小时，再煮约20分钟，至麦粒无白心时，捞出麦粒，用冷水冲洗干净。
2、基本配方：麦粒100公斤（以干品计），牛粪粉30公斤，石膏粉1公斤，碳酸钙1.5公斤。
3、基质混合：将麦粒和牛粪粉按1:0.2的比例混合，同时拌入其他辅料，注意使牛粪全部粘附在麦粒上，并适当喷水。水是不够的。剩下的牛粪粉待用。
4、装瓶操作：小批量生产一般不用标准瓶，而是用酒瓶、葡萄糖玻璃瓶等装瓶杀菌。为降低生产成本，可提供500毫升输液瓶。先在瓶底放一把牛粪粉，大约1-1.5厘米厚，然后放上麦粒。装瓶时，将瓶子稍微倾斜，使麦粒低于瓶肩1厘米，然后装入1-2把牛粪粉，用“L”型工具压扁压实，然后塞入它变成卫生棉条。
5、灭菌降温：采用高压灭菌方式，在0.15MPa压力下保持2-2.5小时。灭菌完毕，压力降为零后，即可取出瓶子，移入冷藏室或接种室。提前3天打扫房间，喷洒白冰沙溶液。瓶内温度降至30即可接种。
6、接种操作：室内喷洒一次赛白09液后，用75%酒精擦洗原种一次，打开接种净化器，10分钟后开始接种操作。每瓶（500ml）原种可收40多瓶。
7、菌种培养：提前将培养室（棚）打扫干净，灌溉地面，在地毯上喷洒白冰沙溶液。密封2天后，地面撒上石灰粉，即可将接种的菌种转入。发芽期尽量控制培养室温度在25左右，不要超过28。水温空调最低温度可降至22左右。一般农户不具备条件，可采用土法降温：在萌芽棚地面上使用。砖堆高20厘米，盖上新塑料薄膜，菌瓶竖直沥干，倒入地下水，每天换水1-2次，使菌瓶温度保持在25以下。每隔3天左右喷药预防。白冰沙和赛白09可以交替使用；当发现蘑菇蚊成虫时，立即喷洒高效氯氰菊酯将其杀死。
8、清杂处理：接种后第3天开始检查清杂。如发现不是双孢蘑菇菌丝体的菌瓶，应立即从外面清除。如果有脉孢霉菌污染，用方便袋从上到下盖住菌瓶，慢慢移出。对于一般杂菌的污染，可在喷药后倒出物料，晾干后再用；对于脉孢霉菌的污染，应将物料倒出培养室，焚烧或深埋。烫死，用前洗净。
9、暂存：约35-45天后菌种充分发芽，暂时不用的菌种应低温保存，一般为2-4。
10、质量检验：双孢蘑菇的菌丝白色粗大、清晰、有活力，呈扇形。菌丝旺盛且一致；无浓密的黄白色菌丝体；菌丝体粗壮，白色而结实，遇高温呈淡黄色，可出现少量束状菌丝体，上下均匀。
瓶内菌丝生长不旺盛，呈散状，或有“菌”或“破菌”现象，物料变色、结块或收缩，呈白色或淡黄色圆形块状或出现不规则的黑点。有杂菌、螨虫滋生，无菌香、漂白粉、鱼腥味等，均为不合格菌种。如果菌丝呈淡黄白色，且菌丝皱缩、生长无力，或在生长过程中有真菌形成，说明培养基较湿或陈旧；菌瓶中上层菌丝收缩变干，但下层菌丝生长良好，说明培养基太干，培养温度太高；如果生长不均匀，说明麦粒浸泡和预煮时间不够；如果生长的菌丝逐渐变黄，说明培养温度过高；如果菌瓶顶部有厚厚的菌盖，则为生产性能差或生理特性老化的菌种，不宜使用。总是在高温条件下培养的菌种播种后不易取食，菌体生长缓慢。
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