食用菌亲本种主要通过人工选择、诱变育种、杂交育种和原生质体融合等方法获得。作为一般制种专业人士，可以采用人工选育的方式，对母种进行分离培育。具体步骤和操作方法如下。 1、种源采集从野生和人工栽培种群中选择具有代表性的优良菇体作为种源。种植蘑菇的标准是：8成熟，花形圆润直立，肉厚，无病虫害。采集1-2个符合上述标准的种菇，编号作为分离母种的材料。从培养室采集的，应标明原菌种编码。
2、培养基制备琼脂培养基又称PDA培养基。常用配方为：土豆200-250克，琼脂15-20克，葡萄糖20-25克，水1000毫升。也可加入1-1.5克硫酸镁、少量维生素B1、2-3克磷酸二氢钾。先将土豆洗净去皮，切成薄片，放入铝锅中加水煮30分钟，捞起用4层纱布过滤取汁。然后将琼脂加入汁中，边加热边搅拌，让琼脂充分溶解；然后加入葡萄糖等，煮几分钟，用4层纱布过滤，取汁，趁热将汁液放入玻璃试管中。加至管长的1/5，用棉花塞紧管口，或将汁液倒入容量为20毫升的玻璃三角瓶中。然后放入高压锅中，在98-108kPa/cm的压力下灭菌30分钟左右。灭菌后及时取出，趁热将试管斜放在台面上，冷却后成为固体斜面培养基。
3、亲本分离方法有3种方法：孢子喷射法、组织分离法和基内分离法。 孢子喷射法。种菇表面消毒吸水后，将菇体悬挂在盛有琼脂培养基的三角瓶中，让菇体内的袍子自然散落在培养基上，使菌丝萌发。也可以剪一小蘑菇体贴在试管斜面上的培养基表面，让孢子散落在培养基上，使菌丝发芽，即可得到母种。 组织分离法。将灭菌后的种菇从接种盒中的菇柄上用手对半解开，或用刀片切开，使菇体形成裂口。在菌盖与菌柄连接处或菌褶处，用接种刀切一小块菇体，再纵切成510mm的小片，用接种针挑出一薄片，插入斜面培养基中央，每支试管接种一小片薄片，待菌丝萌发即可得到母种； 基底内分离法。选长出蘑菇的木段，切去树皮和表面木质部，用70%酒精消毒，锯成1厘米厚的薄片，放入0.1%汞升水中1-2分钟，然后消毒用清水洗去残留物。再将小片切成0.5-1厘米宽的条状，插入斜面培养基中央，菌丝长出后取母种。也可以用接种钩在消毒后长出蘑菇的菌袋中取出颜色纯正、生长旺盛的菌丝，接种在试管斜面上的培养基中央。菌丝体发芽后，即为真菌类。
4、适宜温度培养用上述不同方法分离菌种接种于试管后，应及时将试管移入灭菌后的培养箱或培养室进行培养。在温度下发展。一般孢子排出后3-4天萌发成菌落，10天后管子上长满菌丝；组织分离和接种后2-3天，菌丝体在培养基上萌发和扩散生长；菇木分离接种后，7天菌丝恢复生长。
5、选育与提纯上述方法得到的菌丝不一定是优质的，还需要进行筛选和提纯。因此，菌丝萌发后，仔细观察，选择菌丝颜色纯正、健壮、生长正常、生长不间断的菌丝，将菌丝连同接种盒中的培养基一起钩好，插入另一试验的培养基中管子。在23-25恒温条件下，培养7-10天，待菌丝长满管后观察，选择最好的，即“母代”母种。
6、移管扩管母种可移管扩管成为“子”母种。使用相同的倾斜培养基，每个分支可扩展到30-50个后代母种。生产中的大部分供应是后代母种。它可以再次扩展。一般每个分枝可扩成20-25个后代和母种，但转管次数不宜超过5次。
7、出菇试验对分选出的母种，还必须进行出菇试验。其方法是：将母种接种在瓶装或袋装的木屑培养基上，根据各种菌种对温度的要求进行适宜的温度培养，直至出菇即可。
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