菇棚消毒后，将装好种子的料袋运至菇棚堆放催芽。堆叠的水平取决于温度。夏秋季节气温高时，叠放2-4层。料袋堆放成“#”字形，横向排列，便于散热和留出通路；春冬季节气温较低时，菌床应铺一层稻草或麦秸，堆放10-12层，再盖上塑料薄膜或草帘保温，以提高堆放温度并促进菌丝的生长。
细菌管理的要点是：
一是保持温度，定期在料袋之间插入温度计，注意堆温变化。发芽的最佳温度为25C-30C。当温度高于30时，应及时散堆，并增加通风，防止菌丝体被高温灼伤。当温度低于20时，尽量提高温度并保温。
二是通风：菇棚每天通风2-3次，每次30分钟，早晚气温高，中午气温低。
三是要保持干燥。菇棚内空气的相对湿度以60%-70%为宜。
四、光照要暗，弱光有利于菌丝生长。
五是翻身。堆放后，每5-7天翻堆一次，料袋下层向上，上层向下，里外外里，做到温度均匀，胚芽整齐。
六是通风补氧。两端用于密封木耳。在真菌生长初期，袋内含氧量可以满足菌丝生长的需要。随着菌丝生长的增加，袋内含氧量不足，会影响菌丝的正常生长。
接种后10-15天，当菌袋两端菌丝长2-3厘米进入饲料时，可在菌丝后1-2厘米处，用针在菌袋周围扎8-10个等距孔生长线。或用削尖的竹筷从袋口戳出3-4个孔，或将袋子两端紧的绳子稍微松开，松开绳子后利用袋口处薄膜的自然张力让新鲜空气进入袋内，通气补氧，促进菌丝健康生长。 （来源：河北农科110网）
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