除去覆盖土层表面的水渍后，棚内温度保持在22-25，相对湿度85%左右。 5天内，以少通风为主，适当通风为辅，使物料菌丝尽快从土壤中爬出，即菌丝悬出土壤。一般情况下，覆土5天后菌丝即可爬入土层。 5天后，通气量逐渐增大，但风量大小取决于菌丝体的状态。如果菌丝呈灰白色，说明通风适中；如果菌丝稀薄、呈白色，说明通风换气不足，应增加通风次数和时间。但也要防止菌丝因通风过度而倒伏，在土层下部形成深结的雷菇。同时，一旦菌丝爬入土层，一般不宜喷水，因为喷水不当可能会导致菌丝低头，产生雷霆蘑菇；另外，要注意夜间的温度。如果夜间温度低于20，且菌丝体刚爬入土壤时不要给土壤通风；如果土壤过于干燥，不利于菌丝扩散到土壤中，还应适当喷水，薄水勤喷，调整土层至适当的湿度。如果覆土后5天菌丝还没有爬行，可在菌床上覆盖一层覆盖物，以利于细菌入土培养。总之，必须根据具体情况采取适当的措施。
覆土后15-20天是管理的关键期。当菌丝土达到覆盖土层的2/3，土层中出现大量菌丝时，应及时加大通风量，棚温调整至16-18，料温以降低至15-19C。大通风1-2天后，喷蘑菇水一次，喷雾量为每平方米1-1.5公斤，喷2-3天，然后用大通风1-3天，然后改用小通风。通风促进原有生长。基部和菇芽的形成（一定量的二氧化碳浓度有利于原基的形成）。出菇水要喷至土粒压扁、圆润、不粘手为止。这样，经过3-5天，在表土以下0.5-1.0厘米的位置（覆土后15-17天）就会形成米粒至绿豆大小的子实体芽。
当幼崽长到黄豆大小时，应喷洒一次保质水，每平方米0.5公斤左右。此后，再过4-6天，黄豆大小的蘑菇芽即可长成直径2.5-4厘米的一级蘑菇。
一般来说，出菇期土壤湿度应以土粒扁圆、不粘质、落地不散架、水不能漏入料内为宜。
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